检察院不起诉又让签认罪认罚书是合法的，对于不起诉的案件，也是需要对违法行为进行认定的。犯罪嫌疑人签署认罪认罚书后，人民法院一般会依据检察院的量刑意见进行判处，但影响量刑的因素有很多，具体怎样判处依据实际案情而定。侦查机关讯问犯罪嫌疑人时，会告知犯罪嫌疑人相应的权利，犯罪嫌疑人可以认罪认罚，律师在场的情况下签署认罪认罚具结书。
二、检察院对案件的认定规定
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条 在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
第二百零一条 对于认罪认罚案件，人民法院依法作出判决时，一般应当采纳人民检察院指控的罪名和量刑建议，但有下列情形的除外：
(一)被告人的行为不构成犯罪或者不应当追究其刑事责任的;
(二)被告人违背意愿认罪认罚的;
(三)被告人否认指控的犯罪事实的;
(四)起诉指控的罪名与审理认定的罪名不一致的;
(五)其他可能影响公正审判的情形。
人民法院经审理认为量刑建议明显不当，或者被告人、辩护人对量刑建议提出异议的，人民检察院可以调整量刑建议。人民检察院不调整量刑建议或者调整量刑建议后仍然明显不当的，人民法院应当依法作出判决。
需要明确的是，检察院根据职能是需要对案件的违法行为进行审查认定的，在犯罪嫌疑人签署认罪认罚书后，人民法院一般会依据检察院的量刑意见进行判处，但影响量刑的因素有很多，具体怎样判处依据实际案情而定。
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