(一)概念不同
1、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。
2、绝对不起诉又称法定不起诉，指《刑事诉讼法》第173条第1款和第171条第4款规定的不起诉。所谓法定，是指法律规定的“应当”，即是犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或具有《刑事诉讼法》第15条规定情形之一的，人民检察院应当做出不起诉决定，检察机关不享有做出起诉决定或不起诉决定的自由裁量权，只能依法做出不起诉决定。
(二)适用条件不同
(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。
(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。
人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。
根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
2、绝对不起诉适用于以下七种情形：
(1)犯罪嫌疑人没有犯罪事实的;
(2)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(3)犯罪已过追诉时效期限的;
(4)经特赦令免除刑罚的;
(5)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(6)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(7)其他法律规定免予追究刑事责任的。
综合上面所说的，存疑不起诉和绝对不起诉虽说两者都是不起诉但对于两者所产生的条款是有很大的不同；对于存疑是可以在不起诉的同时只要在期限之内执法人员还可以进行侦查；而对于绝对的话，那么就是对案件确认不能进行起诉。
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