1、证明主体不同。
在刑事诉讼中，证明主体主要是控诉机关和负有证明责任的当事人，具体包括人民检察院、自诉案件的自诉人。在民事诉讼和行政诉讼中，证明主体主要是当事人。其中，在民事诉讼中，证明主体是各方当事人，并且根据证据证明责任的分配规则分别由各方当事人就一定的事实进行证明。
2、证明对象不同。
在刑事诉讼中，证明对象主要是犯罪嫌疑人、被告人是否实施了犯罪行为的事实以及是否具有从重、加重或者从轻、减轻、免除处罚的事实。在民事诉讼中，证明对象主要是当事人之间民事权利义务发生、变更和消灭的事实。
3、证明手段不同。
在证明手段方面，虽然三大诉讼法关于证据种类的规定基本相同，但同一种类证据在不同诉讼中的证明意义却不完全相同。如在民事诉讼中，被告的承认在一般情况下可以免除原告对事实主张的举证责任;但在刑事诉讼中，只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚。而且，在证据的收集、提供方面，三大诉讼法亦存在着不同。在刑事诉讼中，履行控诉职能的机关(人民检察院和公安机关)具有强大的侦查能力，可以动用国家权力去收集证据。相比较而言，民事诉讼当事人收集证据的方法则要受到很多的限制，收集证据的能力较弱。
1、提起诉讼的主体不同
民事诉讼中双方当事人都可以提起诉讼，原告起诉后，被告可以反诉刑事诉讼除自诉案件有自诉人提起诉讼外，均有人民检察院提起诉讼。
2、举证责任不同
在民事诉讼中，谁主张权利谁负责举证在行政诉讼中，只有被告(行政机关)负责举证。在刑事诉讼中，公诉人负有提供被告有罪的证据、并加以证明的责任，被告人不负举证责任，但可以提供自己罪轻或无罪的材料为自己辩护。
3、适用的法律不同
民事诉讼主要适用《民法通则》和《民事诉讼法》刑事诉讼主要使用《刑法》和《刑事诉讼法》。
4、案件性质不同
民事诉讼管辖民事纠纷(就是民告民)，刑事诉讼负责刑事犯罪追究刑事责任(官告民)。
5、是否使用调解不同
民事诉讼中调解是一项基本原则，法院既可以调解的方式进行审理，也可以调解的方式结案，有一些民事案件必须经过调解这一程序刑事诉讼中的调解主要针对自诉案件及附带民事诉讼就定罪量刑问题不适用。
相关法律依据：
根据《刑事诉讼法》第五十一条，公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。
综上所述，对于刑事诉讼法和民事诉讼法来说，其最大的区别就是证明主体的不同，在刑事诉讼法中其证明主体是检察机关和受害者，民事诉讼法中则是民事纠纷事件的当事人;除此之外，对于二者的证明对象及其手段的不同也需差别对待，因此就需要通过法律使各类纠纷得到妥善处理。
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