销售假药罪与非法经营罪的区别是：生产销售假药罪是指生产者、销售者违反国家药品管理法规，生产、销售假药，足以危害人体健康的行为;而非法经营罪未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品的。生产销售假药罪是属于经营假冒伪劣产品;而非法经营则更侧重了对经营过程的非法性。
《中华人民共和国刑法》第一百四十一条，生产、销售假药的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;致人死亡或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处罚金或者没收财产。
本条所称假药，是指依照《中华人民共和国药品管理法》的规定属于假药和按假药处理的药品、非药品。
《刑法》第二百二十五条，违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证劵、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的;
非法经营罪的定罪量刑标准一般是五年以下有期徒刑或者五年以下十年以下有期徒刑。法律对于非法经营罪的认定一般是看经营的数额或者物品的违法情节，即未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的。还有就是营业额达到每年500万的，那么都可以以此罪进行量刑处罚。
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条 【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的; (四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
非法经营罪的量刑标准一般是五年以下的有期徒刑或者是五年以上十年以下的有期徒刑；而销售假药罪情节轻微的话判处三年以下的有期徒刑。这也是两者的区别。
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