买卖不破租赁与法院查封是相互冲突的，查封是人民法院执行人员将作为执行对象的财产加贴封条予以封存，禁止被执行人转移或处分的措施，体现了国家公权对私权的干预和救济。
其本质上是一种公法行为。查封包括财产保全过程中的查封和强制执行过程中的查封。
由于查封的目的是为了债权人实现债权，不动产被查封后，其所有人或使用权人丧失了对不动产的处分权。
因此，被查封的财产，债务人或其他人擅自处分的，该处分行为无效。
最高人民法院经他字第8号复函明确指出，执行债务人擅自处分被查封的房产的行为无效。
1、是否仅仅适用于买卖。
“买卖不破租赁”这一法律制度，不仅包括因买卖而引起的租赁物所有权变动，还包括因赠与、继承、互易甚至合伙投资引起的所有权变动。此种广义理解已为大多数人所认同。据此，“买卖不破租赁”精确地理解为“租赁物所有权变动不得对抗租赁物债权”更为准确些。但尚没有明确法律条文给予明确。
2、是否适用于“动产”。
“租赁”，依合同法第212条规定，租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。这一条款并没有对租赁物进一步设定限制，就是可包括不动产也可以是动产，从字面看无论是不动产还是动产都可以适用“租赁物所有权让与不得对抗租赁物债权”原则。但是当我们将这个概念运用到229条的时候，不禁会发现，如果所有权转移以交付为要件的动产也适用第 229条，将不利于财产的流通，有悖于现代民法的宗旨。因此《合同法》第229条中租赁物一词，应限定于不动产，如房屋等更妥。但司法习惯是这样做，但也没有法律条文明确。
最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国担保法〉若干问题的解释》第66条第1款规定，抵押人将已抵押的财产出租的，抵押权实现后，租赁合同对受让人不具有约束力。因此，以抵押财产出租的，不适用“买卖不破租赁”原则，在这种情况下，抵押权优于租赁权，租赁关系因抵押权的实现而解除。
4、财产保全与租赁竞合。
财产保全与租赁竞合，指在同一标的上同时存在财产保全和租赁，二者在效力上发生冲突的情形。二者效力发生冲突时如何处理解决，尽管法律没有明文规定应怎么处置，并且从“买卖不破租赁”的适用条件来看，买卖的行为也是发生于后，按理说应该也可以适用“买卖不破租赁”。但如果这样执行，法院查封的威严则毫无是处，因此关键要看二者哪个成立在先。若租赁先于查封存在，则在债权人依法定程序取得被查封财产所有权后，原租赁契约当然地适用于债权人，对债权人具有法律拘束力，因为承租人在承租时并不能预见到将来租赁物会被查封。若租赁后于查封存在，则在债权人依法定程序取得被查封财产所有权后，原租赁契约并不适用于债权人，除非债权人同意。因为查封的目的是实现债权，承租人明知承租的房子有可能被变卖，却仍然与出租人订立租赁契约，由此带来的风险只能由他自己承受。若承租人不知道或不应当知道租赁物已被查封的，则损失应当在承租人或出租人之间按照双方过错承担相应责任。
买卖不破租赁的规定，只要是为了保护那些善意的租赁主体的财产权益，以及使用租赁房屋的权益，故此一般来说，若是被租赁的房屋，面临被法院查封的威胁，此时法院也会提前告知房屋租赁人，此时租赁主体将不能继续使用自己租赁的房屋。
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