两个有往来的公司合并的，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单，通知债权人，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
《中华人民共和国公司法》
第一百七十三条公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
第一百七十四条 公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
2.股东会(大会)表决通过合并决议。
3.签订合并合同并编制资产负债表和财产清单。
合并各方必须对合并的形式、条件、支付方式以及双方的其他权利义务做出规定并编制资产负债表和财产清单。
4.实施债权人的保护程序。
实施债权人的保护程序，即在做出合并的决议后通过邮寄、公告等方式通知债权人，要求其在规定的时间内可对合并提出异议。公司法规定，自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上至少公告三次。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自第一次公告之日起九十日内，债权人有权要求公司清偿债务或者提供担保。不清偿债务又不提供担保的，公司不得合并。
合并其他公司的公司应当于公司合并之后就发生变化的登记事项向登记机关申请办理变更登记;被合并的公司应到登记机关依法办理注销登记手续。
三、我国企业兼并的主要形式有哪些？
1、兼并办法中规定的兼并方式
兼并办法第4条规定，企业兼并主要有以下几种形式：
承担债务式，即在资产与债务等价的情况下，兼并方以承担被兼并方债务为条件接收其资产。
购买式，即兼并方出资购买被兼并方企业的资产。
吸收股份式，即被兼并企业的所有者将被兼并企业的净资产作为股金投入兼并方，成为兼并方企业的一个股东。
控股式，即一个企业通过购买其它企业的股权，达到控股，实现兼并。
公司法第184条规定，公司合并可以采取吸收合并和新设合并两种方式。
3、《中华人民共和国证券法》规定的兼并方式
证券法第78条规定，上市公司可以采取要约收购或者协议收购两种兼并形式。
综合上面所说的，公司与公司之间合并也需要按《公司法》的条款来进行办理，而且在处理之前就需要把双方的各项资产，还有债权，债务处理好，在签订合并协议时就需要表达出双方的真实意思，这样才能确定合并可以达到很好的效果。
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