专利纠纷案件司法解释共计三十一条，主要涉及权利要求解释、间接侵权、标准实施抗辩、合法来源抗辩、停止侵权行为、赔偿额计算、专利无效对侵权诉讼的影响等专利审判实践中的重点难点问题。
(一)关于间接侵权的规定
《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》第二十一条规定的专利间接侵权制度，进一步强化了对专利权人的保护，该条款明确，明知有关产品系专门用于实施专利的材料、设备、零部件、中间物等，未经专利权人许可，为生产经营目的将该产品提供给他人实施了侵犯专利权的行为，权利人主张该提供者的行为属于侵权责任法第九条规定的帮助他人实施侵权行为的，人民法院应予支持。
明知有关产品、方法被授予专利权，未经专利权人许可，为生产经营目的积极诱导他人实施了侵犯专利权的行为，权利人主张该诱导者的行为属于侵权责任法第九条规定的教唆他人实施侵权行为的，人民法院应予以支持。
最高人民法院民三庭庭长宋晓明解释称，实践中，间接侵权人与最终实施发明创造的侵权人之间没有意思联络，并不构成共同过错。但是，间接侵权人明知其提供的零部件等只能用于生产侵犯专利权的产品，而仍然提供给侵权人实施。
他表示，鉴于间接侵权人明显的主观恶意，且其提供的零部件是直接侵权行为的专用品或者其积极诱导他人实施专利侵权行为，故将其纳入侵权责任法第九条规制的范围。这并不意味着在现行法律框架之外给予专利权人以额外的保护，而是侵权责任法适用的应有之义，符合加强专利权人保护的客观实际。
(二)举证难、赔偿低的规定?
针对“举证难、赔偿低”的问题，《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》第二十七条对专利侵权诉讼中有关赔偿数额的举证规则进行了一定程度的完善。在参考商标法第六十三条第二款有关证据妨碍规定的基础上，根据专利权人的初步举证以及侵权人掌握相关证据的情况，将有关侵权人获利的举证义务分配给侵权人，并将此与专利法第六十五条规定的赔偿额的计算顺序相衔接。
第二十七条明确，权利人因被侵权所受到的实际损失难以确定的，人民法院应当依照专利法第六十五条第一款的规定，要求权利人对侵权人因侵权所获得的利益进行举证;在权利人已经提供侵权人所获利益的初步证据，而与专利侵权行为相关的账簿、资料主要由侵权人掌握的情况下，人民法院可以责令侵权人提供该账簿、资料;侵权人无正当理由拒不提供或提供虚假的账簿、资料的，人民法院可以根据权利人的主张和提供的证据认定侵权人因侵权所获得的利益。
第二十八条还指出，权利人、侵权人依法约定专利侵权的赔偿数额或者赔偿计算方法，并在专利侵权诉讼中主张依据该约定确定赔偿数额的，人民法院应予以支持。
(三)善意使用者如何排除的规定
为厘清专利权与其他民事权利的法律边界，根据利益平衡原则，《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》第二十五条通过但书将善意使用者予以排除。
第二十五条明确，为生产经营目的使用、许诺销售或者销售不知道是未经专利权人许可而制造并售出的专利侵权产品，且举证证明该产品合法来源的，对于权利人请求停止上述使用、许诺销售、销售行为的主张，人民法院应予以支持，但被诉侵权产品的使用者举证证明其已支付该产品的合理对价的除外。
该条第一款所称不知道，是指实际不知道且不应当知道。
该条第一款所称合法来源，是指通过合法的销售渠道、通常的买卖合同等正常商业方式取得产品。对于合法来源，使用者、许诺销售者或者销售者应当提供符合交易习惯的相关证据。
(四)专利临时保护期侵权如何裁定的规定
此外，《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》还对近年来倍受关注的功能性特征、标准必要专利、禁止反悔规则、发明专利临时保护期等问题作了规定。
针对早前争议较大的“专利临时保护期”可能出现的侵权问题，《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》第十八条明确，权利人依据专利法第十三条诉请在发明专利申请公布日至授权公告日期间实施该发明的单位或者个人支付适当费用的，人民法院可以参照有关专利许可使用费合理确定。
发明专利申请公布时申请人请求保护的范围与发明专利公告授权时的专利保护范围不一致，被诉技术方案均落入上述两种范围的，人民法院应当认定被告在前款所称期间实施了该发明;被诉技术方案仅落入其中一种范围的，人民法院应当认定被告在前款所称期间内未实施该发明。
发明专利公告授权后，未经专利权人许可，为生产经营目的使用、许诺销售、销售在该条第一款所称期间内已由他人制造、销售、进口的产品，且该他人已支付或者书面承诺支付专利法第十三条规定的适当费用的，对权利人关于上述使用、许诺销售、销售行为侵犯专利权的主张，人民法院不予支持。
(五)涉及国家利益及、公共利益如何裁定的规定
值得一提的是，有关判令停止侵权行为的问题，司法解释中还就案件中涉及国家利益和公共利益的进行了明确。
《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》第二十六条规定，被告构成对专利权的侵犯，权利人请求判令其停止侵权行为的，人民法院应予支持，但基于国家利益、公共利益的考量，人民法院可以不判令被告停止被诉行为，而判令其支付相应的合理费用。
专利纠纷案件的五大难题是间接侵权、举证难和赔偿低、善意使用者如何排除、专利临时保护期侵权如何裁定、涉及国家利益及、公共利益如何裁定这五大难题，如《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释(二)》就规定了未经权利人许可，实施的专利的材料或者中间件为了赢利提供给了侵权人，如果权利人主张提供者是帮助他人侵权行为，法院是支持的等等规定
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