商标侵权的处理方式有商标注册人或者利害关系人向人民法院起诉;请求工商行政管理部门依法进行处理;权利人和侵权人自行协商进行处理。
有侵犯注册商标专用权的行为，引起纠纷的，由当事人协商解决;不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
1、委托专业的知识产权公司调查取证。由于商标权案件专业性较强，由权利人自行取证，对取证的方向和范围把握的十分准确会有一定的难度。一般说来，专业的调查取证要比当事人调查取证更为方便、有效，收集证据的范围也更加广泛、精确，在司法实践中往往具有较高的可信度。
2、向行政机构举报取证。向侵权所在地工商举报后，上述部门可以查阅、复制与案件有关的合同、帐册等有关文件，询问当事人和证人，采用拍照、摄像等方式进行现场执法检查。涉嫌侵犯商标专用权的，上述行政执法部门可以对涉嫌侵权的产品清点数量、规格后查封并从中抽取样品。
3、运用公证机构收集、保全证据，是一个做好诉前准备的有效措施，商标侵权的网络证据保全公证。
对商标侵权行为进行取证，可以委托专门的知识产权公司进行调查，确认侵权行为，也可以直接向行政机构进行举报，由该机构组成专门的调查组确认侵权行为，还可以运用公证机构收集相关的证据。
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