(一)合法原则。适用生态环境行政处罚裁量基准应当在法律、法规、规章确定的裁量条件、种类、范围、幅度内行使。
(二)合理原则。适用生态环境行政处罚裁量基准应当综合考虑经济社会发展状况、当事人情况、危害后果等因素，所采取的措施和手段应当科学、必要、适当。
(三)过罚相当原则。适用生态环境行政处罚裁量基准，处罚种类和幅度应当与当事人过错程度、行为性质、情节以及社会危害程度相当。
(四)公开公平公正原则。适用生态环境行政处罚裁量基准，应当向社会公开裁量标准;应当平等对待当事人，公平、公正实施处罚，对情节相同或者相似、社会危害程度相当的同类违法行为，行政处罚种类和幅度应当相当。
(一)生态环境违法行为所造成的环境污染、生态破坏程度及社会影响;
(二)当事人的过错程度;
(三)生态环境违法行为的具体方式或者手段;
(四)生态环境违法行为危害的具体对象;
(五)当事人是初犯还是再犯;
(六)当事人改正生态环境违法行为的态度和所采取的改正措施及效果。
(一)警告;
(二)罚款;
(三)没收违法所得、没收非法财物;
(四)责令停产停业;
(五)暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照;
(六)行政拘留;
1、处罚适用前提不同。
行政处罚是针对公民、法人或者其他组织违反国家有关法律、法规，尚未构成犯罪的，应当依法承担行政责任的行为作出的;而刑事处罚是针对犯罪作出的。
2、处罚适用的依据不同。
行政处罚适用的依据有法律、行政法规、地方性法规和规章;而刑事处罚适用的依据只能是法律，即《刑法》。
3、处罚实施机关不同。
行政处罚在我国是属于行政管理的范畴，因此实施主体是行政机关。而刑事处罚是属于国家的司法权范畴，因此只能由人民法院实施。
4、处罚的种类不同。
根据我国《刑法》的规定，刑事处罚包括主刑和附加刑两部分。主刑有：管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑和死刑;附加刑有：罚金、剥夺政治权利和没收财产;此外还有适用于犯罪的外国人的驱逐出境。从种类上说主要有人身罚和财产罚两类，而人身罚是刑罚的重点。行政处罚包括：警告、通报批评、罚款、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、没收非法财物、没收违法所得、行政拘留等。从种类上说虽包括了人身罚、财产同、申诫罚和能力罚四大类，但重点绝不在人身罚，因而行政处罚所规定的人身罚较之刑事处罚要轻得多。
综上所述，行政机关执法人员行使行政处罚自由裁量权时，必须遵守以上相关原则，如果违法行为人认为行政机关作出的行政处罚决定过重，可依法申请行政复议。一般情况下工作人员要考虑违法行为的具体方式以及违法行为造成的后果等各方面的因素作出行政处罚决定。
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