1、确定违约金的依据不同
法定违约金，确定违约金数额的依据，是法律对违约金的直接规定。我国现行的法律，对违约金的规定有两种情况，一种是法律直接规定违约金的比率。当事人违约，可以依此比率计算出违约金的数额;另一种是法律只规定违约金的幅度，当事人在合同中，可以按规定的幅度来确定。而约定违约金确定违约金的数额依据是当事人在合同中对违约金的约定。只要法律没有规定不允许当事人约定违约金，当事人就可以在合同中约定违约金。当然，当事人不能滥用自行约定的权利，违约金的数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限，超出的部分不予保护。
2、效力不同
法律法规规定了违约金的，即使当事人在合同中没有约定违约金，当事人违约时，也应依法承担违约金。而约定违约金，如果法律没有规定违约，当事人又没有约定违约金，那么当事人违约时，可以不承担违约金。同时，约定违约金受法定违约金的制约，法定违约金优于约定违约金。法律规定有违约金的，当事人在法定违约金以外，约定违约金无效，仍以法定违约金处理。法律规定违约金幅度的，当事人可以在法定的幅度内约定，超出法定幅度的，超出部分无效，低于法定幅度的，按法定最低限额执行。
二、工程施工合同违约金一般是多少？
《民法典》第五百八十五条规定：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
(1)违约金的数额是双方预先确定的;
(2)违约金是—种违约后的补救措施;
(3)违约金的支付是独立于履行行为之外的给付。
综合上面所说的，施工合同对于违约金是可以由以方来进行约定的，如果没有约定也可以利用法定的条款来进行处理，虽说两种性质是一样的，但对于所存在的依据和效力是完全不同的，所以，在处理的时候就需要按法律所规定的条款来，这样才能保障到双方的权益。
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