签订的合同与备案的合同一致的，可以认定为合同有效，如果签订的合同和备案合同不一致的，以备案合同为准。
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
一般是7天之内进行办理的。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招投标管理办法》第四十七条规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同;招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
三、申请办理合同备案需要提供的材料有哪些?
1、《建设工程施工合同备案表》(收取原件4份，此表要到政务中心窗口领)。
3、提供施工合同原件正、副本各不少于2份，留存副本1份，建议签订施工合同使用统一格式的示范文本)， 招标文件和招标控制价及电子数据，(收取包括招标文件制式文本和招标控制价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式电子数据1份)。
4、中标人的商务标和中标价及电子数据(收取包括商务标和中标价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式数据1份)。
5、经发、承包双方确认的工程预算书(收取工程预算书加盖申请单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份)。
6、实行担保的工程，需提交双方的担保保函;(查验原件，收取加盖单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份)。
7、法定代表人授权委托书(收取原件1份)。
8 、《办理建管手续联系单》(查验原件，收取加盖申请单位公章的复印件1份)。
9、中标通知书(收取加盖申请单位公章的复印件1份)
综合上面所说的，签订的合同与备案的合同一致的，可以认定为合同有效，如果签订的合同和备案合同不一致的，以备案合同为准。这样是为了有效维护合同当事人的合法权益安全。
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