1、备案合同和施工合同相比前者的法律效力更强，签订的合同与备案的合同一致的，可以认定为合同有效，如果签订的合同和备案合同不一致的，以备案合同为准。当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
2、备案的流程
(1)网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
(2)办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
(3)正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
1、《建设工程质量管理条例》
第十六条 建设单位收到建设工程竣工报告后，应当组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收。
第四十九条 建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。
建设行政主管部门或者其他有关部门发现建设单位在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定行为的，责令停止使用，重新组织竣工验收。
2、根据以上规定，建设工程竣工验收应当由建设单位组织，但是设计、施工、工程监理等有关单位应当做好各自的工作，参加竣工验收。而通过验收后，现实中也是由建设单位向建设工程行政管理部门申请备案。由于现在很多建设单位都兼具业主身份，经常也被称为“业主”，也可以理解为由业主向建设工程行政管理部门申请备案。
在司法实践中，施工合同在签订后还需要根据实际的合同条款来办理备案处理，特别是要到当地的建设行政主管部门或者其他有关部门按照流程备案，如果备案流程不合法的，那么是可以引起后期的矛盾纠纷事项的。
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