解除备案工程施工合同的方式有：法定解除和协议解除。想要解除已经备案的施工合同主要就是有法定解除和协议解除两种解除方法，所以这个时候想要解除合同就必须按照相关的程序来解除。所以说，不是按照这个解除合同的步骤来解除的话，是没有效果的，也是不受法律保护和认可的。
(1)备案单证
①商务部主管部门按照权限签发的“加工贸易业务批准证”和“加工贸易企业经营状况和生产能力证明”
④属于加工贸易国家管制商品的需交验主管部门的许可证件或许可证件复印件
⑤为确定单耗和损耗率所需的有关资料
⑥其他备案所需要的单证
(2)备案商品
①加工贸易禁止类商品不准备案
②备案时需要提供进出口许可证或两用物项进出口许可证的商品(消耗臭氧层物质、易制毒化学品、监控化学品)
③备案时需要提供其他许可证件或批准文件的商品(如：进出口音像制品、进口工业再生废料等)
(3)保税额度
①在加工贸易合同项下海关准予备案的料件，包括为履行产品出口合同进口直接用于加工出口产 品而在生产过程中消耗掉的数量合理的触媒剂、催化剂、磨料、燃料全额保税。
②海关不予备案的料件，及试车材料、非列名消耗性物料等不予保税，进口时按照一般进口货物 照章征税。
(4)台账制度
按加工贸易银行保证金台帐分类管理的原则来执行。
施工合同都是需要进行备案的，如果合同不按照要求进行备案的话，是很有可能不具备法律效力的。而想要解除已经备案的合同，就需要利用前面提到的两种解除合同的方式来进行备案合同的解除，双方协商不能达成一致的，就需要向当地的法院进行起诉解决。
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