被告主体不适格法院可能会驳回起诉。
根据《民事诉讼法》第一百一十九条规定的起诉条件中，原告必须是与案件有直接利害关系的公民、法人和其他组织。而对于不应当受理的案件受理后的处理方式，根据相关司法解释的规定，可以由第二审人民法院直接裁定撤销原判，驳回起诉。可见，一审法院用裁定驳回起诉并无不当。
根据《民事诉讼法》第一百一十九条规定的起诉条件中，对被告的要求是“明确”，不论正确与否。在司法审判实践中，在被告主体错误的情况下，有判决驳回原告诉讼请求的实例存在。同为程序上的主体错误，结论却有云壤之别。在仅在被告主体错误的情况下(若原、被告主体同时错误，仅以原告主体错误为由裁定驳回起诉即可)，说明原告有诉权，只是诉权的指向对象错误，或是诉讼请求的提法不当，这与原告主体不适格的情况下不享有诉权的情形在质上具有绝对性的差异。
因被告主体不适格而判决驳回原告诉讼请求的情形往往是在原告主体适格的基础上，进一步深入到案件的实体审查之后才能得知，而原告主体不适格则从根本上阻止了诉讼程序的启动。同理，裁定驳回起诉应当以起诉是否符合民事案件受理条件为判断标准，判决驳回原告诉讼请求是在案件应当受理的前提下，对案件实体进行审理后的判断结果。而只要原告起诉时，被告明确，即使被告主体有误也不属于法院不予受理的情形，当然不得用裁定不予受理或驳回起诉，应当用判决驳回原告诉讼请求。
需要说明的是，在司法审判实践中，在被告主体错误的情形下，也有裁定驳回原告起诉的实例存在，这有待于司法实践的统一。
综上所述，该案可直接适用《民事诉讼法》第一百一十九条的规定裁定驳回原告起诉。
随着我国的社会经济水平的不断发展，我国的民事纠纷的数量也是在不断的增加的，此时我们需要注意的是，在处理民事纠纷的时候，是需要严格的按照法定的程序处理的，此时也是更好地践行司法为民，保护当事人的诉讼权利，同时避免法院诉讼资源不必要的浪费。
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