被告主体不适格，该怎么处理，现行《民事诉讼法》并无明确规定。原告主体不适格，《民事诉讼法》中已有明确规定，驳回起诉。
民事诉讼主体，是指参与民事诉讼活动的当事人。在民事诉讼活动中，涉及的诉讼主体包括三个方面:
一是主持审判活动的审判机关，审判机关主导民事审判活动，是当然的主体;
二是诉讼当事人，即参与诉讼活动的民事纠纷的双方，包括诉讼代理人;
三是诉讼参与人，包括证人、鉴定人、勘验人等。民事诉讼主体必须符合法律的规定，才能保证民事诉讼活动合法有效地进行。
通常所提到的民事诉讼主体，是指第二类的诉讼当事人，即原告、被告、第三人以及上诉案件中上诉人、被上诉人。合格的当事人直接关系到诉讼的结果。
二、人民法院受理案件的条件是什么?
按照《民事诉讼法》第一百二十三条的规定，人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉条件，凡是符合《民事诉讼法》第一百一十九条的起诉，必须受理。起诉必须符合四个条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;
(二)有明确的被告;
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
关于被告，仅要求“明确”，没有要求“适格”。
三、被告主体不适格是诉权问题还是胜诉权问题?
关于被告主体不适格的争论，归根结底就是认为被告主体不适格是程序上问题还是实体上的问题，是原告诉权的问题还是胜诉权的问题。
如果认为属于程序问题、诉权的问题，则认为原告不能起诉主体不适格的被告，不享有对不适格被告的诉权，一旦起诉就会被驳回起诉;如果认为属于实体问题、胜诉权问题，则认为被告主体是否适格影响的是原告能否胜诉的权利，应当经过实体审理才能判断。
被告是否适格，不属于立案审查的范围，按照现行《民事诉讼法》第一百一十九条的规定，立案庭仅审查是否是“明确的被告”;被告是否适格，也不是在立案审查时就能够发现的，如果有明确的被告，即使原告立案时毫无证据证明与被告有丝毫的关系，也不能排除原告后续补充证据或被告在实体审理中认可与原告有关系的可能，即使立案时有证据证明与被告有关系，也不能排除审理中发现证据不能采信的可能。
被告是否适格，是需要在在案件实体审理过程中，通过完整的举证、质证、辩论等庭审程序，才能做出判断，因此被告是否适格所影响的是原告实体意义上的胜诉权，而非能否诉讼的程序诉权。
综合以上分析，民事诉讼中，现行法律并未禁止原告起诉不适格主体，而是保护原告的合理诉权，但若被告主体不适格，则原告丧失胜诉权，法院可因此判决驳回诉讼请求。
最后，在一般的民事诉讼中，法律选择保护原告的合理诉权，不禁止原告起诉不适格的被告主体，但是如果原告不符合上诉请求仍然会被驳回或者不予受理。如果是原告失去胜诉权的情况，法院也可以驳回诉讼请求。
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