区别有：解决纠纷的方式不同、体现的意志不同、发生法律效力的时间不同。
1、解决纠纷的方式不同。民事调解书反映的是人民法院依法进行调解，促成双方当事人自愿、合法地达成协议的内容;民事判决书反映的则是人民法院依法以判决的形式解决纠纷的内容。
2、体现的意志不同。民事调解书在合法的前提下，主要体现了双方当事人的意志，是人民法院依法对双方当事人自愿达成的协议的确认;民事判决书则体现了人民法院的意志即国家的意志。
3、发生法律效力的时间不同。民事调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力;而第一审民事判决书只有在上诉期过后，当事人不上诉的情况下才发生法律效力。
4、适用的条件不同。
民事调解书是人民法院依法进行调解，促成当事人自愿、合法达成解决纠纷的协议而予以认可时适用的法律文书。民事判决书则是人民法院对案件经过审理，就案件依法作出判决时适用的法律文书。
5、反映的内容及其文书格式不同。
民事调解书的格式较为简单;内容扼要;民事判决书的格式较为复杂、且内容详实。
二、判决书与协议书
判决书，法律术语，是指法院根据判决写成的文书。是法律界常用的一种应用写作文体，包括民事判决书、刑事判决书、行政判决书和刑事附带民事判决书。判决书的制作，在形式上应当具备规范性、创新性、公开性、法律性和准确性的特点。
调解协议书是双方当事人的经过协商，自愿处分其实体权利和诉讼权利的一种文书形式。调解书是人民法院确认双方当事人调解协议的法律文书。纠纷的分类有很多，一般以案由来算。如：离婚纠纷，合伙纠纷，相邻关系纠纷，经济纠纷，人身损害赔偿纠纷等等。
从上面我们可以看出法院的调解书和判决书解决的纠纷根本就不是同一种。调解书是说经过法院调解由双方在调解下达成了自愿的协议。判决书通常情况下是指法院对一个当事人一些行为后果进行的批判与总结，它体现的是一种国家的意志。
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