存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。
能否再提起公诉有人认为，检察机关作出对存疑不起诉案件发现新证据后可提起公诉的规定，一方面突破了《刑事诉讼法》的规定，因为该法并未规定存疑不起诉后发现新证据可以再行起诉;另一方面，该规定对保障犯罪嫌疑人的合法权益极为不利。这种不利表现为：对于存疑不诉的被不起诉人，社会上对其会有“不清不白”的评价，罪与非罪悬而未决，社会各方面的排斥和冷遇时时可遇，日常活动很难开展。
同时，由于高检院对何时发现新证据可再行起诉未作限制性规定，对未发现新证据的人，其直到死还会有案件挂着。因此，一些学者建议取消存疑不诉后再可起诉的规定。“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。
《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚，此时如能证实原先被不起诉的犯罪嫌疑人有罪而不将其交付审判，实有悖“违法必究”和“法律面前人人平等”的原则。
当然，作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。
二、案件如果再获得侦查权
案件能否再用侦查权要对存疑不起诉的案件提起公诉，必须获得新证据，排除合理怀疑，真正做到事实清楚，证据确实充分。
存疑不起诉的决定是建立在对卷宗证据材料的审查判断基础之上的，是对案件的最终处理结论，卷宗是支撑不起诉结论的基础，两者是不可分割的，没有了卷宗材料，不起诉决定就成了空穴来风，不仅不符合档案管理的要求，而且也不便于对作为复查重点的该类案件的复查。
一般由检察机关来启动和主导对存疑不起诉案件新证据的收集。在具体操作上，可由检察机关公诉部门指定专人负责此项工作，定期与侦查机关和侦查人员沟通情况，及时了解相关信息，确定补查事宜。但在收集新证据的过程中，不可擅自使用侦查手段，因为如上所说，不起诉决定有终结刑事诉讼的法律效力，侦查程序也应终结，因此，在存疑不起诉决定被撤销前使用侦查手段是非法的。
可由检察机关撤销原来的存疑不起诉决定，以恢复刑事诉讼程序，再采用侦查措施去将调查到的材料转变为法定证据。如果经审查案件达到了事实清楚，证据确实充分的程度，即可向人民法院提起公诉，并视情采取相应的强制措施。
检察院在作出不起诉决定之后，后续还是可以通过进一步侦查来搜补齐证据。如果符合起诉条件的话，那么检察院会作出起诉决定并且了立案。但是之后提起公诉，必须符合事实清楚、证据充分的情形。
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