1、土地的性质不同。城村中的土地性质多为集体土地，而棚户区多为国有土地，土地性质不同所依据的法律规定不同。
2、补偿不同。由于房屋所在土地性质不通，进而补偿也就不同。
3、改造的程序也不同。城中村改造依照《土地管理法》的规定，棚户区改造依照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定。
《中华人民共和国土地管理法》
第四十八条 征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老等社会保障体系。被征地农民的社会保障费用主要用于符合条件的被征地农民的养老保险等社会保险缴费补贴。被征地农民社会保障费用的筹集、管理和使用办法，由省、自治区、直辖市制定。
1、棚户区改造可以有效地解决低收入家庭的住房困难，体现社会公平、公正;
事实上，对于城中村改造和棚户区改造的区别简单了解一下即可，因为无论是城中村还是棚户区，各地规定的改造政策是不能一概而论的，棚户区改造也有可能用货币补偿或者是房屋置换这样的补偿方案。
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