首先，下载自然人税收管理系统扣缴客户端。
进入客户端主界面，点击人员信息采集，主录入员工的姓名、身份证号，入职日期等。再点击专项扣除信息采集，这个主要是采集员工的六项扣除信息。
进入个税工资填写界面，选择添加或者导入，就是添加或者导入员工的信息资料。
资料导入后，页面中间会弹出员工的信息，本期收入都填写零。
填写好之后，点击页面右上角的提交数据。
返回到综合申报主界面，点击税款计算。
页面弹出密码输入框，输入申报密码，点击确定。
页面跳转到综合申报主界面，点击申报表报送，再点击发送申报即可完成个税零申报了。
相关法律规定：
根据《税收征收管理法实施细则》第十三条，扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，向所在地的主管税务机关申报办理扣缴税款登记，领取扣缴税款登记证件，所以单位应当是扣缴义务人，只要办登记了就应当按月申报，就使无税款也要进行零申报，也就是说按实际发放工资数填，是零就填零，扣缴税款处也为零就可以申报。
二、个人所得税的征税内容包括哪些?
1、工资、薪金所得
工资、薪金所得，是指个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得。这就是说，个人取得的所得，只要是与任职、受雇有关，不管其单位的资金开支渠道或以现金、实物、有价证卷等形式支付的，都是工资、薪金所得项目的课税对象。
2、个体工商户的生产、经营所得
个体工商户的生产、经营所得包括四个方面：
(一)经工商行政管理部门批准开业并领取营业执照的城乡个体工商户，从事工业、手工业、建筑业、交通运输业、商业、饮食业、服务业、修理业及其他行业的生产、经营取得的所得。
(二)个人经政府有关部门批准，取得营业执照，从事办学、医疗、咨询以及其他有偿的服务活动取得的所得。
(三)其他个人从事个体工商也生产、经营取得的所得，既个人临时从事生产、经营活动取得的所得。
(四)上述个体工商户和个人去的的生产、经营有关的各项应税所得。
3、对企事业单位的承包经营、承租经营所得
对企事业单位的承包经营、承租经营所得，是指个人承包经营、承组租经营以及转包、转租取得的所得，包括个人按月或者按次取得的工资、薪金性质的所得。
4、劳务报酬所得
劳物报酬所得，是指个人从事设计、装潢、安装、制图、化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、新闻、广播、翻译、审稿、书画、雕刻、影视、录音、录象、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经济服务、代办服务以及其他劳务取得的所得。
综上所述，目前国家相关法律规定，个人取得的所得，如果难以定界是哪一项应税所得项目，由主管税务机关审查确定。在发放工资之前的30日之内，公司单位就需要按照既定的规定，计算应该缴纳的税额，即使是不需要纳税的，也需要按照规定，进行零纳税申报，对于那些不按照既定的规定见申报的行为，是违法的。
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