程序瑕疵行政许可的法律后果严重者是可以要求撤销许可的决定；行政许可法规定了行政许可程序的听证制度、案卷制度、说明理由制度、获取信息制度、回避制度等一系列制度，构成了行政许可的正当程序规则。根据《行政诉讼法》第五十四条的规定，具体行政行为违反法定程序的，，并可判决被告重新作出具体行政行为。行政许可程序出现瑕疵需要区分不同情况处理。
首先，行政许可程序具有法定性、公开性和救济性的特点，以行政许可程序对相对人合法权益是否产生实质性的影响，可以将行政许可程序区分为主要行政程序和次要行政程序。主要行政许可程序的欠缺将直接影响行政许可行为的合法性，对违反主要程序的行政许可，有权机关应当予以撤销。次要行政许可程序欠缺可由相应机关予以补正，而不必然带来撤销的结果。
其次，以行政机关在行政许可程序上是否有自由裁量权为标准，行政许可程序可以划分为强制性程序和任意性程序。对于强制性程序会发生合法与否的问题，违反强制性程序在司法审查中将导致该行为的撤销或重作;对于任意性程序则可能发生合理性的问题，，在司法审查中才导致该行为的撤销或重作。
再次，以行政许可程序规范行政许可行为所涉及的对象和范围为标准，行政许可程序分为外部程序和内部程序。内部程序不能违反法律、法规的规定，否则在司法审查中不能认可。违反不同性质的行政许可程序，将导致不同的法律后果和救济方式。
(1)直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等的特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项。
(2)有限自然资源的开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项。
(3)提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项。
(4)直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技能等资格、资质的事项。
(5)企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项。
综合上面所说的，行政许可程序是需要按法律所规定的条款来进行处理，如果在程序中存在瑕疵，那么也是有被撤销行政行为的可能性，但涉及到的情形不严重，也是不足以进行撤销的，所以，不同的情形会做出不同的处理。
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