非法行医罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
(1)客观方面不同。前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
(2)主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
(3)主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》
第五十七条 〔非法行医案(刑法第三百三十六条第一款)〕未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
(一)造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的;
(二)造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的;
(三)使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的;
(四)非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的;
(五)其他情节严重的情形。
具有下列情形之一的，属于本条规定的"未取得医生执业资格的人非法行医"：
(一)未取得或者以非法手段取得医师资格从事医疗活动的;
(二)个人未取得《医疗机构执业许可证》开办医疗机构的;
(三)被依法吊销医师执业证书期间从事医疗活动的;
(四)未取得乡村医生执业证书，从事乡村医疗活动的;
(五)家庭接生员实施家庭接生以外的医疗活动的。
本条规定的"轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍"、"中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍"，参照卫生部《医疗事故分级标准(试行)》认定。
第五十八条 〔非法进行节育手术案(刑法第三百三十六条第二款)〕未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
(一)造成就诊人轻伤、重伤、死亡或者感染艾滋病、病毒性肝炎等难以治愈的疾病的;
(二)非法进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器五人次以上的;
(三)致使他人超计划生育的;
(四)非法进行选择性别的终止妊娠手术的;
(五)非法获利累计五千元以上的;
(六)其他情节严重的情形。
刑法设立非法行医罪不仅要保护就诊人的身体健康安全，而且也要维护国家医疗管理秩序。有执业医师资格，不经注册取得执业证书，即开始从事医疗活动，是一种扰乱医疗管理秩序的行为。因此，从刑法立法本意理解，刑法条文规定的非法行医罪中“未取得医生执业资格”的含义不应当是专指未取得执业“医师”资格，而应当是指没有取得从事“医生职业”的合法主体资格。
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