抓好燕麦秋播期至苗期病虫防治是确保苗全苗壮的重要技术内容，燕麦播期和苗期也是很多病虫草害防治的关键时期，防治不及时，往往造成缺苗断垄或弱苗病苗。
一、把好种子关，选用抗耐病品种
选用优质高产，综合抗逆性好的品种。近年推广的品种有：石新828、石新733、济麦22，节水品种有石麦15、石优17、等。选用的品种必须是通过植物检疫的健康无病种子。
二、农业措施
1、精选种子。播种前要晒种、选种，将秕粒、坏粒、出芽粒；草籽等除去，提高种子质量减少禾本科杂草的扩散。
2、适期晚播 合理密植。
3、清除病残体和田间及四周杂草，破坏灰飞虱、蟋蟀、病菌栖息及越冬场所，可以减轻小麦丛矮病的发生和危害。
三、播前药剂处理
土壤处理：
对于小麦纹枯病、全蚀病土传病害发生较重的地块，可选用50％多菌灵1公斤＋15%粉锈宁（三唑酮）1公斤＋100公斤水，随水灌入土中或喷于地表，然后翻耕整地，或亩用50%多菌灵或70%甲基托布津2公斤＋100公斤水喷于地表或兑细土50公斤撒于地表，翻耕整地。对地下害虫金针虫、蟋蟀、蝼蛄、蛴螬发生严重的地块，每亩用2公斤2.5%甲基异柳磷颗粒剂或40%辛硫磷乳油，与15-20公斤细土混匀，撒于地表，与肥料一起耕地时翻入土中。
药剂拌种：
防治蛴螬、金针虫、蝼蛄和灰飞虱、蚜虫，预防丛矮病和黄矮病。可用科丰无蚜害拌种或用70%吡虫啉可湿性粉剂70克+40%甲基异柳磷乳油50克兑水1.5-2公斤，均匀拌种20-25公斤（二亩地的种子量），堆闷3-4小时，待吸收晾干后播种。
对于预防根腐病、纹枯病、黑穗病可用：（1）6%戊唑醇悬浮种衣剂，进行拌种，堆闷6小时，晾干播种；（2）2.5%适乐时（咯菌腈）种衣剂100毫升拌种100公斤，搅拌均匀后堆闷3-5小时；也可用多菌灵或甲基托布津等内吸性杀菌剂进行拌种。
对小麦全蚀病发生严重的地块，可亩用消蚀净20--40ml拌种或12.5%的全蚀净200ml兑水5公斤水，拌麦种100公斤，堆闷4-8小时，晾干播种。注意：在采取杀虫剂、杀菌剂混合拌种时，可先拌杀虫剂，堆闷晾干后，再拌杀菌剂。
以上病害和虫害混发区，选用有关杀菌剂和杀虫剂混合拌种，达到一拌多防的效果，但要注意：先拌杀虫剂，闷种晾干再拌杀菌剂；先拌乳剂，待吸收晾干再拌粉剂。拌后的种子一般不宜久放，要随拌随用。
