填海造陆会破坏海洋生态，影响海洋生物生活。在亚洲，陆地资源贫乏的沿海国家和地区，都很重视利用滩涂或海湾填海造地。但是无序开发将给海洋环境带来难以估量的恶果，很多国家为此得不偿失。日本填海造陆的面积有很多，从1945至1975年，日本政府在临海填海造地11.8万公顷，相当于两个新加坡的面积。在获得巨大收益的同时，大肆填海造地发展工业经济也给日本带来了巨大的后遗症。最明显的问题就是海洋污染，很多靠近陆地的水域里已经没有了生物活动，海水自净能力减弱，赤潮泛滥。需要付出大量的资金和人力，改变和修复环境。尽管如此，要恢复以前的情况已经非常困难。一些海岸线上，大面积森林消失，小鱼小虾绝迹，渔业由此遭受了重大损失。
现在，禁止无序填海已经摆到了各国面前，“综合性海域管理”已经成为世界学者重视的课题。填海原则由于环保人士认为填海工程会破坏环境，所以他们均反对进行填海工程。在香港，部分环保人士于2003年就一项填海工程提出诉讼，希望能推翻有关规划。2004年1月9日，香港终审法院宣判环保人士胜诉，并提出了进行填海的三个原则：
三原则
1.有迫切及凌驾性的当前需要，包括社群的经济、环境和社会需要;
2.没有其他可行方法;
3.对海港的损害减至最少。
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