视情况而定。存疑不起诉不会留下案底，案底只能由人民法院依法判决，如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后会有案底；存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。
《刑事诉讼法》第二百条：在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
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