建设工程合同纠纷，属于一般合同纠纷，一般时效期限是三年。工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为三年。
1、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算;如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后三年。
2、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：
(1)工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后三年;
(2)工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后三年;
二、施工合同纠纷类型有哪些?
工程施工包括土建施工和装饰施工两种形式，与之相对应，建设工程施工合同一般也包括土建工程施工合同和装饰工程施工合同两种形式。由于建设工程质量涉及社会公共安全，因此国家对建筑施工企业格外注重监督管理，以保证建筑工程质量，防止工程质量问题。建设部颁布的《建筑业企业资质管理规定》中规定，建筑业企业应当按照其拥有的注册资本、净资产、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等资质条件申请资质，经审查合格、取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。建筑业企业的资质等级可以根据各种具体情况进行升级或降级。在司法实践中，建设工程施工合同纠纷案件最为常见，诉因一般为发包人拖欠工程款、承包人建设工程质量有缺陷、承包人逾期竣工等。
综上所述，双方签订工程施工合同后，当发生拖欠工程款、工程质量出现缺陷或者超期未完工的，无法很好解决纠纷就只能通过法院诉讼处理。根据法律规定，施工合同诉讼时效是三年，从认定工程质量存在问题鉴定意见出具之日开始计算。
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