第一，主体不同。在间接代理合同中，法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定，只要是具有相应的民事行为能力的人，即可以成为代理人。而在行纪合同中，行纪人的主体资格受到限制，根据法律规定，只有经批准有权从事行纪业务的自然人、法人或相关组织才可以成为行纪人。
第二，是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中，如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系，则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系，根据法律规定，如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应当向委托人披露第三人，委托人此时可以行使介入权，主张受托人对第三人的权利。当受托人因委托人的原因对第三人不履行义务，受托人应向第三人披露委托人，第三人可以行使选择权，选择受托人或者委托人作为相对人主张其权利。
因此，在签订合同时，如果第三人不知道受托人与委托人之间的代理关系，则可以通过受托人的披露而使得委托人行使介入权，第三人行使选择权。而行纪关系由两个独立的法律关系组成，合同应当分别履行。行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利，承担义务。第三人不履行义务导致委托人的利益受损害，行纪人应该承担损害赔偿责任，而第三人即使知道委托人是谁，也不能越过行纪人而直接与委托人发生法律关系。
第三，定性不同。行纪合同是有偿的，行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人，其所从事的业务一般仅为商事活动。而在间接代理中，代理人没有主体资格的限制，其代理的范围不仅包括商事或外贸代理，而且包括一般的民事活动，既可能是有偿的也可能是无偿的。
《中华人民共和国民法典》
第九百五十一条 行纪合同是行纪人以自己的名义为委托人从事贸易活动，委托人支付报酬的合同。
(1)委托合同又称委任合同，是指委托人与受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同;行纪合同是行纪人以自己的名义为委托人从事贸易活动，委托人支付报酬的合同。
(2)委托合同既可以是有偿合同，也可以是无偿合同;行纪合同属于有偿合同。
(3)委托合同中受托人从事交易活动产生的权利义务由委托人承担;行纪合同中行纪人从事交易活动产生的权利义务由行纪人自己承担。
(4)委托合同中受托人处理委托事务的费用由委托人承担;行纪合同中行纪人处理委托事务支出的费用，由行纪人负担，但当事人另有约定的除外。
在今年新颁布的我国《民法典》中，对于行纪合同的具体内容作出了规定，一般以自身名义为委托人从事活动而签订的一类合同都属于行纪合同。我国《民法典》规定了行纪合同是指行纪人以自己的名义为委托人从事贸易活动，委托人支付报酬的合同，因此，行纪合同不属于间接代理。
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