1、概念不同
环境行政处罚，是指环境保护行政机关依照环境保护法规，对犯有一般环境违法行为的个人或组织作出的具体的行政制裁措施。其直接结果是确定环境行政责任，包括罚款、责令停产等多种具体形式。广泛适用于不同的环境违法行为。
环境行政命令是环境行政机关极为重要的环境行政行为。从法的角度考察，环境行政命令是环境行政机关依法所作的具有强制拘束力的单方意思表示，体现环境管理中的国家权力作用。环境行政命令以环境法律为依据，不得与环境法律相抵触，适用环境法律的原理和原则而与环境法律密切联系.在制订机关、程序和名称、效力、地位上与环境法律又明显有别。
2、形式不同
（1）从实质上理解，行政命令是行政主体的一种强制性行为，只存在于行政处理行为之中，与行政检查、行政决定和行政强制执行相联系，并且相互衔接。我国《环境保护法》中规定的行政命令有责令停止违法行为、责令限制生产、责令停产整治、责令停业、关闭等。
相关法律规定：《环境行政处罚办法》
第十二条 根据环境保护法律、行政法规和部门规章，责令改正或者限期改正违法行为的行政命令的具体形式有：
(1)责令停止建设;
(2)责令停止试生产;
(3)责令停止生产或者使用;
(4)责令限期建设配套设施;
(5)责令重新安装使用;
(6)责令限期拆除;
(7)责令停止违法行为;
(8)责令限期治理;
(9)法律、法规或者规章设定的责令改正或者限期改正违法行为的行政命令的其他具体形式。
（2）而行政处罚是直接对行政相对人产生一定影响的行政措施。常见的行政处罚形式有拘留、罚款、暂扣或吊销执照等。环保部门最常使用的行政处罚措施是罚款。
我国《行政处罚法》第八条的规定，行政处罚不但包括“警告、罚款、行政拘留、没收违法所得、没收非法财物、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照”等能够直接对行政相对人产生影响的措施，还包括以“责令”开头的部分行政命令。
二、对环境行政处罚不服怎么办
根据《中华人民共和国行政诉复议法》
第六条 有下列情形之一的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议：
(一)对行政机关作出的警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留等行政处罚决定不服的;
(二)对行政机关作出的限制人身自由或者查封、扣押、冻结财产等行政强制措施决定不服的;
(三)对行政机关作出的有关许可证、执照、资质证、资格证等证书变更、中止、撤销的决定不服的;
(四)对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的;
(五)认为行政机关侵犯合法的经营自主权的;
(六)认为行政机关变更或者废止农业承包合同，侵犯其合法权益的;
(七)认为行政机关违法集资、征收财物、摊派费用或者违法要求履行其他义务的;
(八)认为符合法定条件，申请行政机关颁发许可证、执照、资质证、资格证等证书，或者申请行政机关审批、登记有关事项，行政机关没有依法办理的;
(九)申请行政机关履行保护人身权利、财产权利、受教育权利的法定职责，行政机关没有依法履行的;
(十)申请行政机关依法发放抚恤金、社会保险金或者最低生活保障费，行政机关没有依法发放的;
对环境行政处罚不服可以提出环境行政复议请求，当然也可以提出行政诉讼的请求，且在提出诉讼请求之前，并不强制要求先提出复议的请求，这是由于根据相关法律的规定，复议并不是环境行政诉讼的前置条件。
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