当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据，其适用前提应为备案的中标合同合法有效，无效的备案合同并非当然具有比其他无效合同更优先参照适用的效力。
在当事人存在多份施工合同且均无效的情况下，一般应参照符合当事人真实意思表示并实际履行的合同作为工程价款结算依据;在无法确定实际履行合同时，可以根据两份争议合同之间的差价，结合工程质量、当事人过错、诚实信用原则等予以合理分配。
建设工程价款结算出现纠纷时，无效的备案合同并不一定具有比其他无效合同更优先的参考适用效力。在无法确定双方当事人真实合意并实际履行的合同时，应当结合缔约过错、已完工程质量、利益平衡等因素，由各方当事人按过错程度分担因合同无效造成的损失。
(一)受理
合同备案窗口凭市招标办开出的《建设工程项目监理办证联系单》，接受监理合同备案申请单位(申请人)的备案申请。
(二)收集审查资料
2、实行招标委托的中标通知书;(核验原件，提交复制件);
3、实行招标委托的要提交廉政协议书;
4、项目监理委托书(只核验原件);
5、项目总监的资格证书(只核验原件);
6、监理单位资质证书副本(只核验原件);
(三)填写审查备案表
填制《监理合同备案表》，监理合同备案申请人可事先填制《监理合同备案表》，也可以在办理合同备案时由工作人员发放直接填制《监理合同备案表》。
(四)审查合同约定
依据《建设工程项目监理办证联系单》、中标通知书、对监理合同签订的单位名称、合同价款、监理范围、过程、工期及签订日期进行审查。符合要求，即时办理备案手续。不符合规定要求的，应现场予以指出，并提出整改(修改)意见，经整改(修改)直至符合要求后再予以备案。
(五)办理备案手续
审定符合要求的即时在合同备案表意见栏和监理合同备案机关栏盖建设工程合同备案专用章。
建设工程施工合同备案无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可以参照合同约定支付工程价款。受理，收集审查资料，填写审查备案表，审查合同约定，办理备案手续，是建设施工合同备案时的主要流程。申请人需要事先准备好合同原件，中标通知书和委托书，然后到合同备案窗口凭借建设工程项目监理办证联系单填写合同备案申请表。
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