土地使用证的办理单位是：当地的国土资源局。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条规定：农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。所以，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。另外，农村土地属于集体土地，只能由村集体成员申请集体土地使用权。只有在乡政府规划中，对集体土地进行征收征用，土地性质才能由集体土地转变为国有土地，才能办理国有土地使用证。
二、法律依据
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
土地使用证的办理应当由公民携带个人的相关证明材料到当地的土地管理部门进行办理，有关办理程序应当根据当地的土地管理部门的要求进行处理，另外，在办理土地使用证的时候应当根据规定交纳一定的费用，如果已经交纳了土地使用税的情况下，则只涉及到相关的工本费用。
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