1.个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
2.设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：跨县级行政区域的;同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。
3.省、自治区、直辖市国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：跨设区的市、自治州行政区域的;争议一方为中央国家机关或者其直属单位，且涉及土地面积较大的;争议一方为军队，且涉及土地面积较大的;在本行政区域内有较大影响的;同级人民政府、国土资源部交办或者有关部门转送的。
4.国土资源部调查处理下列争议案件：国务院交办的;在全国范围内有重大影响的。
具体而言，应遵循以下原则：
(1)从实际出发，尊重历史的原则
土地权属争议产生的原因很多，但多数是因历史遗留下来的问题所引起的，这种情况在集体组织之间的土地权属关系中十分常见。
引起这类争议的主要原因有：
①历史上乡、村、社、队、场因合并、分割、改变隶属关系等行政建制变化遗留的权属未定、权属不清;
②因过去的土地开发、征地退耕、兴办或停办企事业、有组织移民形成的权属不清;
③因过去无偿占用或“一平二调”造成的权属争议;
④地界不明，包括过去无偿划拨荒山、荒地时未计算面积和划定地界，历史上无地界标志或地界标志不明，新划地界不清或不合理，兴修水利、平整土地、开荒、更改河道等造成地界变化等情形。
这些争议的普遍特点，就是土地占有现状缺乏权属依据或者权属依据难以证明。处理这类纠纷，应当从历史出发，摸清争议土地的历史发展变化，查明引起变化的事实背景和当时的政策依据，确定争议产生的原因，以合理划定地界、确定权属。
