所谓海关行政赔偿，就是指海关及其工作人员在履行国家赋予的进出关境监督管理职责过程中，违法行使行政职权，侵犯公民、法人或者其他组织的合法权益造成损害导致的赔偿。海关是国家行政机关，行使的是国家进出境监督管理的行政权力，因此，海关及其工作人员违法行使职权导致的赔偿在性质上属于国家赔偿，属于国家赔偿中的行政赔偿类型。
海关是实行垂直领导的行政机关。一般情形下，海关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该海关为赔偿义务机关。两个以上海关共同行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的海关为共同赔偿义务机关。海关委托其他组织、个人行使职权导致行政赔偿的，委托的海关是赔偿义务机关。海关依法设立的派出机构行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，由于海关派出机构本身不具有一级海关的行政主体地位，因此不能成为国家赔偿的主体，而应由设立该派出机构的海关作为赔偿义务机关。经过行政复议的，最初造成侵权行为的海关应当作为赔偿义务机关;如果复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。
