第一， 启动的前提不同。
要启动仲裁程序，首先，必须要双方达成将纠纷提交仲裁的一致的意思表示，这可以通过专门的仲裁协议也可以通过合同中的仲裁条款表现出来。达成一致意思表示的时间可以是在纠纷发生前，纠纷中也可以在纠纷发生之后。其次，双方还必须一致选定具体的仲裁机构。只有满足上述条件仲裁机构才予受理。
对诉讼而言，只要一方认为自己的合法权益受到侵害，即可以向法院提起诉讼，而无需征得对方同意。由此，诉讼的条件要宽泛得多。
第二， 受案范围不同。
仲裁机构一般只受理民商、经济类案件(婚姻、收养、监护、抚养、继承纠纷不在此列)，不受理刑事、行政案件。而对上述案件，当事人均可诉讼有门。
第三， 管辖的规定不同。
仲裁机构之间不存在上下级之间的隶属关系，仲裁不实行级别管辖和地域管辖。一般情况下，当事人可以在全国范围内任意选择裁决水平高、信誉好的仲裁机构，而不论纠纷发生在何地、争议的标的有多大。
人民法院分为四级，上级法院对下级法院具有监督、指导的职能，诉讼实行级别管辖和地域管辖。根据当事人之间发生的争议的具体情况来确定由哪一级法院及由哪个地区的法院管辖。无管辖权的法院不得随意受理案件，当事人也不得随意选择。
第四， 选择裁判员的权利不同
在仲裁中，当事人约定由三名仲裁员组成仲裁庭的，应当各自选定或者各自委托仲裁委员会主任指定一名仲裁员，第三名仲裁员由当事人共同选定或者共同委托仲裁委员会主任指定仲裁员。
而诉讼之中，当事人无权选择审判员。但是在法定的情况下，可以要求审判员回避，或者要求将审判由简易程序(只有一位审判员)转入普通程序(三位审判员组成合议庭)。
第五， 开庭的公开程度不同。
仲裁一般不公开进行，但当事人可协议公开，但涉及国家秘密的除外。人民法院审理，一般应当公开进行，但涉及国家秘密、个人隐私或法律另有规定的，不公开审理。离婚案件、涉及商业秘密的案件，当事人申请不公开审理的，可以不公开审理。
第六， 终局的程序不同。
仲裁实行一裁终局制，仲裁庭开庭后作出的裁决是最终的裁决，立即生效。但劳动争议仲裁是个例外，当事人不服仲裁裁决的，还可以向法院提起诉讼。
诉讼则实行两审终审制，一个案件经过两级人民法院审理，即告终结，发生法律上的效力。当然也存在特例，如选民资格案件、宣告失踪和宣告死亡案件、认定公民无民事行为能力和限定民事行为能力案件、认定财产无主案件实行一审终审。
总而言之，民事诉讼和仲裁的法律性质是完全不一样的，可是，仲裁庭出具的仲裁结果和民事法院的判决书，其法律效力并没有差别，只要仲裁裁决结果已经生效，已经生效的仲裁裁决对方不执行的，也是可以直接申请强制执行的。
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