查封扣押申请行政复议是否合法，需要根据不同的情况来判断的，如果是对行政机关扣押逾期不解除扣押措施的，可以申请行政复议，如果是人民法院扣押的，可以向法院申请复议，但不是行政复议。复议当事人对保全或者先予执行的裁定不服的，可以申请复议一次。复议期间不停止裁定的执行。
公民、法人或者其他组织对行政机关实施行政强制，享有陈述权、申辩权;有权依法申请行政复议或者提起行政诉讼;因行政机关违法实施行政强制受到损害的，有权依法要求赔偿。
公民、法人或者其他组织因人民法院在强制执行中有违法行为或者扩大强制执行范围受到损害的，有权依法要求赔偿。查封、扣押的期限不得超过三十日;情况复杂的，经行政机关负责人批准，可以延长，但是延长期限不得超过三十日。延长查封、扣押的决定应当及时书面告知当事人，并说明理由。对物品需要进行检测、检验、检疫或者技术鉴定的，查封、扣押的期间不包括检测、检验、检疫或者技术鉴定的期间。检测、检验、检疫或者技术鉴定的期间应当明确，并书面告知当事人。检测、检验、检疫或者技术鉴定的费用由行政机关承担。
二、扣押的在案财物的处理是什么?
对扣押、冻结在案财物的处理应按照以下规定：
1、保管。公安机关、人民检察院、人民法院对于扣押、冻结在案的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管 ，以供核查 .任何单位和个人不得挪用或者自行处理。
2、返还。对于被害人的合法财产，被害人明确的，扣押、冻结机关应当及时返还 .但须经拍照、鉴定、作价，并在案卷中注明返还的理由，将原物照片、清单和被害人的领取手续入卷备查。对于与本案无关的财物，应当返还所有人、持有人或者解冻，但法律另有规定的除外。
3、移送。对作为证据使用的实物，包括作为物证的货币、有价证券等，应当随案移送。对于大宗的不便搬运的物品，由扣押机关开列清单，并附原物照片和封存手续， 注明地点，入关随案移送。对于易腐烂和不易保管的物品，扣押机关处理后，随卷移送原物照片、清单、变价处理的凭证。对于违禁品、枪支弹药、易燃易爆的物 品、剧毒物品及其他危险品，扣押机关依照国家有关规定处理后，移送原物照片和清单 .
4、没收、上缴。对于公安机关、人民检察院、人民法院扣押、冻结的赃物、赃款及其孳息，由原审的人民法院依照生效的法律文书进行。除依法返还被害人的以外，应当一律没收，上缴国库。
在当代的社会目前如果存在查封扣押这种情况的话，是需要弄清楚查封扣押的性质的，因为有一些是属于行政机关所采取的一种行政方面的措施，这种情况之下如果是认为非法的，可以通过诉讼的方式来进行解决，但是如果是属于司法机关，比如说法院作出的话，就是属于一种司法行为。
延伸阅读：
行政复议受理期限是多久？
行政复议受理期限是拿到申请后五日内，对于...
税务行政复议强制执行不服要怎么...
在中国，税收是财政收入的主要来源，每一个...
行政复议与税收强制执行的依据是...
基本上所有的行政行为在规定的程序之下都可...
行政复议申请时间
提起行政复议的期限依据是《中华人民共和国...
税务罚款可单独行政复议吗？
我们作为企业，我们需要征收经营税、增值税...
税收行政复议决定有几种方式？
受行政复议有很多种决定的方式，但是有很多...
