可以的，总公司代替分公司签署合同是合法的，公司在成立发展有一定规模之后可以成立分公司，若是分公司在成立之前，就已经规定了总公司有权替其签署合同，那么在分公司注册成功之后，总公司才能代替分公司去签署合同，也即正常情形下，总公司是能代替分公司的。
《公司法》
第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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