明代，明太祖出身僧侣。明代南倭寇侵扰，总制胡宗宪亦用少林寺僧兵抵御外侵。（《豫乘识小录》）抗倭名将俞大猷也曾到少林寺传授棍术，各显神通。少林月空和尚率僧兵赴东南抗倭，自备军中急救良药，如少林行军散、八珍丹。少林出名僧医有智正、智谆。智正收集明以前寺院有效秘方，编著了《少林寺秘方》，墨本秘不外传。明嘉靖二年(1523年)，异远真人经过多年的民间搜集整理出《跌损妙方》一书，少林伤科的真传秘方为世人所知，填补了跌打穴伤在伤科学上的空白，也为后世穴伤诊治的发展奠定了基础。异远真人成为少林伤科之始祖，其后众多伤科学家皆宗其说，从而形成少林伤科学派，是中国骨伤最有特色的流派之一。
