不算。离婚的方法有两种：去民政局协议离婚;或者向法院起诉离婚。也就是说，“自动离婚”的说法是不成立的，无论分居多久未办理相关手续，两人都是夫妻关系。
男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
二、办理离婚登记的程序是怎样的?
1、当事人提交证件和证明材料;
2、婚姻登记员查验相应证件和证明材料;
4、婚姻登记员询问当事人的离婚意愿以及对离婚协议内容的意愿;
5、双方自愿离婚且对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的，双方填写《申请离婚登记声明书》，并在监誓人面前签名;
6、夫妻双方亲自在离婚协议上签名;婚姻登记员作监誓人。协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份;
7、婚姻登记员对当事人提交的证件、申请离婚登记声明书、离婚协议书进行审查，符合离婚条件的，填写《离婚登记审查处理表》和离婚证;
8、颁发离婚证。
三、分割财产后还能起诉重分吗?
离婚时，一方隐藏、转移、变卖、毁损夫妻共同财产，或伪造债务企图侵占另一方财产的，分割夫妻共同财产时，对有上述行为的一方可以分或不分;离婚后，另一方发现有上述行为的，可以向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。判决不准离婚和调解和好的离婚案件，没有新情况、新理由，原告在六个月内又起诉的，不予受理;被告起诉的，不受该期限限制。
综上所述，有些夫妻感情不好会分居一段时间，在没有去民政局办离婚证或者起诉离婚之前，双方夫妻关系会一直存在，分居三年也不会导致自动离婚。法院审理离婚案件，会将双方分居时间过长当做感情破裂的一个判定条件。
