(1)就犯罪侵犯的直接客体而言，分裂国家罪侵犯的直接客体是国家的统一，而背叛国家罪侵犯的直接客体则是国民对其国家的效忠义务。虽然这两种犯罪都涉及到对国家领土完整的危害，但本罪对国家领土的危害，不是将我国的一部分领土分离出去，领土和国家的主权与安全并没有落入外国之手，而是制造地方“独立”的割据局面，这实质上是以破坏国家统一的方式危害国家安全，就此而言，分裂国家罪属于“内忧”;而背叛国家罪对国家领土的危害，则是勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，背离自己效忠国家的义务而向外国出卖国家主权、出让国家领土，或者策划外国向我国发动战争，侵占我国领土，这实质上是以出卖国家主权、出让国家领土或者破坏国家领土安全的方式而危害国家。就此而言，背叛国家罪属于“外患”。
(2)就犯罪的客观方面而言，这两种犯罪也有两点不同：首先，本罪不要求将“勾结外国”或者“与境外的机构、组织、个人相勾结”作为要件，即行为人是否勾结外国，或者是否与境外的机构、组织、个人相勾结，并不影响本罪的成立。而背叛国家罪缺乏“勾结外国”或者“与境外的机构、组织、个人相勾结”则无以成立犯罪;其次，在犯罪的行为表现方式和内容上，本罪是通过将中华人民共和国的一部分领土分离出去，脱离中央政府的领导，制造地方“独立”的割据局面而危害国家的领土完整，是以对国家统一和完整的侵害而危害国家安全。而背叛国家罪则是通过勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，以对国家主权、领土完整和安全的侵害而危害国家安全。
(3)就犯罪主体而言，分裂国家罪属于一般主体，即只要年满16周岁、具有刑事责任能力，不管是中国公民，还是外国人、无国籍人，都可以成立本罪。并且，本罪只能由多数人构成，属必要共犯;而背叛国家罪的犯罪主体只能是年满16周岁、具有刑事责任能力的中国公民，并且单独的个人仍然可以构成本罪。
(4)就主观故意的内容而言，本罪的行为人具有分裂国家、破坏国家统一的直接故意，即认识到自己的行为是分裂国家、破坏国家统一而积极实施;而背叛国家罪的行为人则具有危害国家主权、领土完整与安全的直接故意，即认识到自己的行为是勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结而危害国家主权、领土完整和安全而积极实施。
二、分裂国家罪与非罪行为的界限
区分分裂国家罪与非罪行为的界限，要注意以下两点：
如果出于狭隘的民族主义或地方主义情绪，或者出于对党和国家某些民族政策的误解而实施了一些过激的行为，或者虽有一些思想上的分裂倾向，而缺乏任何具体的组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一的行为，都不应以本罪论处。
应当注意的是，分裂国家罪是行为犯，只要行为人实施了组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一的行为，就可以构成本罪的既遂，而不要求发生实际的危害结果。关于分裂国家罪的犯罪主体，从实践中看，通常主要是一些身居要职的野心家、阴谋家，以及具有一定社会影响力的地方分裂主义分子和民族 分裂分子。
