相关法律中缺乏对公共利益内容、权限的界定标准。我国《宪法》《土地管理法》中对农村集体土地转让补偿有明确规定，但对公共利益内容和方式、程序与权限界定不清。在《宪法》中明确提到因公共利益需求进行的征用应给予相应补偿。《土地管理法》第二十三条进一步对公益建设占地进行分类，符合规定项目才能征用集体土地，商业项目无权征用土地，需要申请国有建设用地，但是没有列举哪些类型符合公共利益项目，也没有具体规定符合公共利益的外延范围，只能通过地方政府裁决是否进行征用补偿。由于法律中缺乏对公共利益的界定和运行步骤，导致一些征地项目以公共利益为幌子，实际是以商业利益为目的，有的征地前后土地用途不一致，而相关法律没有对应的弥补和惩罚机制，这些都是缺乏详细法律规定所致。
土地征收补偿问题较多。土地征收补偿问题主要包括征收补偿范围小、征收补偿标准不合理、征收补偿程序不健全等几个方面。
在有关土地征收补偿依据上，相关法律规定对土地征收要给予一定经济补偿，主要是土地补偿费、青苗补偿费、安置补贴费，由于土地补偿只占征地项目成本较少一部分，但却是广大失地农民获得补偿比重最大的一项，如依据当前农民收益来计算土地征收补偿，每人获得的补偿资金并不多，不能与土地转让后产生的巨大经济价值相匹配，失地农民潜在损失的利益很大。土地征收补偿标准制定不合理导致实际土地补偿费用和土地增值产值联系不大。土地征收补偿程序仍不完善，执法人员能力素质偏低，在工作中会出现贪腐和以人情、金钱左右征地的行为，侵害农民利益的现象时有发生。
失地农民安置和补偿争议缺乏司法有效保护。对失地农民补偿安置在我国《宪法》第十条中有具体规定，不同地区多依据《宪法》条例采用一次性货币补偿，并没有涉及其社保、就业等公共服务内容。这种一次性货币补偿只考虑了征地补偿费用，没有关注失地农民今后的生活保障问题。如果农民失地后不能找到稳定工作，征地补偿款将成为生活依仗越用越少，如突遇重大疾病或重大事故，必然难以承担。
由于土地征收补偿中涉及诸多问题，导致矛盾纠纷层出不穷，而法律中缺乏相关司法救济程序，一些征地补偿纠纷无法通过人民法院起诉解决，只能寻求地方政府征收部门进行裁定。处理纠纷方式方法相对不足，当征地双方在补偿问题上达不成一致时，农民合法权益难以获得有效保障。
