1 融资渠道严重不畅，资金严重不足。目前我国中小企业初步建立了较为独立、渠道多元的融资体系，但融资难仍是影响中小企业发展的最重要的因素，也是最难于突破的瓶颈。金融机构的经营机制、信贷管理方式与中小企业融资需求不相适应。一方面，银行为了减少放贷风险，降低放贷成本，不愿意贷款给经营规模小、信用等级低、资信相对较差、信息不透明、经营业绩不稳定的中小企业；另一方面，中小企业融资时间急、频率高、金额小的特点与银行繁杂的贷款手续不相适应，往往是贷款到位，商机已过。
2 内部控制制度缺失，财务控制薄弱。由于中小企业中很大一部分是民营企业，这些企业往往由一人或少数人控制，决策和经营管理的主观随意性较大，对于财务管理的理论方法缺乏应有的认识和研究，致使其职责不分，越权行事，造成财务管理混乱，财务监控不严，会计信息失真等。多数中小企业缺乏完善的内部财务控制约制度、稽核制度、定额管理制度、财务清查制度、成本核算制度、财务收支审批制度等基本的财务管理制度。
3 会计基础工作薄弱，财会人员素质偏低。中小企业普遍存在着会计机构设置不健全，会计人员配备不合理的问题，有的企业干脆不设会计机构，全部会计工作委托会计事务所代理，或者任用自己的亲属当出纳，外聘兼职会计定期来做账，忽视了会计工作在企业财务管理中的作用。有的企业或只设会计机构，而不设财务管理机构，中小企业大多数财会人员都没有经过专门化、系统化的知识教育，没有会计专业技术职称，无证上岗的现象较多。
4 内部财务管理信息化建设落后，难以应用科学而又有效的财务分析工具。我国绝大多数中小企业还是局限于传统模式下的核算体系，电脑只是办公室的时髦摆设，并不会运用财务软件及建立自己的微机网络。不会将各项业务事前取得的信息进行比较，做出正确的决策和预测，将隐患消灭。另外，中小企业由于内部和外部的各种限制而难于采用科学有效的分析工具进行财务管理，如现金流量贴现分析在中小企业中难于采用，原因有：其一，中小企业的管理资源匮乏，经营者未受过良好的专业训练不能使用科学的决策分析工具；其二，由于中小企业的组织机构简单和管理行为分界不清，经营者穷于应付日常事务而没有充足的时间运用贴现分析技术，企业采用简单的分析被认为是理性的经济行为；其三，贴现技术的分析成本过高；其四，中小企业关心的首要问题是生存，重视近期而不是中长期现金流动。
