公元1806年 正月
初八日，越南兴化镇目擅请将久隶中国版图之云南临安府(今建水)属六猛地方划去，命照会越南国王阮福映严行惩办之。
初十日，以直隶千里长堤及新旧格淀堤，年久塌坏，附近民田多成巨浸，准拨银四十万两培筑之。
公元1806年 二月
鹿耳门之战 先是蔡牵统海上义师至台攻入凤山(今台湾高雄)，海面则沉舟鹿耳门，阻隔内地兵船；陆路则与洪四老所率义军相联络，围攻台湾府城。清调广州将军赛冲阿为钦差大臣，带兵放洋，赴台督办军务，后授为福州将军。又增派德楞泰为钦差大臣，护军统领扎克塔尔、温春和提督薛大烈等驰赴福建军前。并谕江西巡抚温承惠督粮运军需，以济李长庚军。提督李长庚率浙水师三千渡海，至鹿耳门，因海口为沉船堵塞，不得入，旋进汕大港。总兵许松年亦乘船进攻，于上月二十六日，焚牵船三十余艘，夺占洲仔尾。牵将大船驶进口门迎敌。李长庚出北汕，许松年出南汕，合击蔡牵，牵损船二十四艘，退至鹿耳门。李长庚等遂分船包围鹿耳门，牵以鹿耳门沉舟塞路不能出。越二日，海潮骤涨，沉舟漂起，牵装换蓬索、火药，率兵乘船，于初七日夺门出海，后与李长庚追逐于闽、浙海面。寻台湾总兵爱新泰奏，复占凤山县城。
公元1806年 三月
初一日，命挑浚江苏淮、扬下游旧江河道。
十六日，禁浙江、江苏等省放米出海。
公元1806年 四月
先是康熙四十八年编集《皇清文颖》，乾隆年间重加纂辑。十九日，从御史叶绍楏奏，命续编《皇清文颖》。
公元1806年 五月
十九日，闽浙总督玉保因蔡牵事革职，以阿林保补授闽浙总督。
私给民船执照案 宗室徒义等受船户田洪如等贿银四百两，私给民船执照，准其将船投充渔利各案，事涉亲王、贝勒、额驸、领侍卫内大臣、都统等多人。二十九日，命将宗室徒义革去奉国将军，圈禁二年；庄亲王绵课勿署领侍卫内大臣，革去都统，退出内廷；怡亲王奕勋以尚未管事，罚俸一年；贝勒绵律革去贝勒，责四十，圈禁二年；贝勒绵誉退出乾清门，罚俸二年：额驸索特纳木多布斋革去护军统领，罚俸一年；侍卫德昌、福珠、隆阿、舒悯等俱枷号三个月，满日后发往伊犁当差。寻命将宗室绵传革去侍卫，当众责四十，发往盛京圈禁六年。
公元1806年 七月
宁陕新兵哗变 先是，川楚陕白莲教起义平息之后，原各随营乡勇，挑补各地所增设兵额，谓之新兵。陕西增新兵六千，驻扼秦岭腹地之宁陕。其地险粮贵，议于例外月给米盐银五钱。时布政使朱勋以未奉部文，银钱停发，新兵大哗。恰值陕西提督杨遇春奉命入都，宁陕总兵杨芳调署提督，而副将杨之震令笞治哗者。于是新兵陈达顺、陈先伦等聚集二百余人，杀副将，劫库狱，毁城以变。寻攻陷陕西洋县，旁及城固、宁羌(今宁强)，众至万人。十六日，报闻京师。命德楞泰督兵攻之。旋杨遇春赴京行次西安闻变，急集兵五千进击，陷伏大溃。德楞泰复以兵四千继之。杨芳闻变，率固原兵驰击，鏖战被创。新兵习地利，俱骁悍，改推蒲大芳为首。芳与遇春谋，单骑入新兵营。蒲大芳诱缚陈达顺等献，以众降。十月，德楞泰以“现存二百二十四名，拟遴选将弁，分投管带，暂归原营，约束操防”等语奏闻。嘉庆帝阅奏震怒，命罢德楞泰领侍卫内大臣职，将陕甘总督倭什布发乌鲁木齐效力，戍蒲大芳等二百人于新疆塔尔巴哈台、后于嘉庆十四年正月将蒲大芳等斩首枭示，杨遇春降为总兵，杨芳遣戍伊犁。
公元1806年 九月
直隶官员串通侵帑案 直隶司书王丽南等勾结解役匠银，自嘉庆元年起至本年止，串通二十四州县官吏，通同作弊，私刻假印，重领冒支，挖改库收，销毁借案，虚收虚抵侵亏帑银三十一万余两。初五日，命将有关人员审讯，后有关之直隶总督、藩司、官吏等降革有差。后命将侵银万两以上者斩首，万两以下者遣戍黑龙江。
公元1806年 十二月
初五日，大学士朱珪死，著有《知足斋文集》等。
订《河东盐务章程》 十八日，准山西巡抚成宁奏《河东盐务章程》五款。如将陕西凤翔府所属州县原食花马池盐，改为行销潞盐，邠州等所属二县向行潞盐，以其地近花马池，改食花马池盐等。
廿二日，江西会昌南发生6级地震。
公元1806年 是岁
会计直省民数谷数 直隶等省通共大小男妇三亿三千五百三十六万九千四百六十九名口，存仓米谷二千八百十一万余石。
书法家钱坫死。
