羊水穿刺是有一定风险的，风险的可能性在0.5%到1.5%之间，因为是人工操作所以无法做到百分之百安全。
但现在羊水穿刺普及后，技术设备也都提高了不少，现在基本上都是在B超的引导下穿刺，所以基本上医生都能准确避开胎盘，吸取到羊水。如果孕妇不放心，可以去大医院找技术娴熟的医生做羊水穿刺。
在做完羊水穿刺后，约有2～3%的孕妇会有副作用，比如阴道出血、羊水溢出、轻微宫缩等。但这都是可以及时发现去医院能及时解决的，如果孕妇做羊水穿刺是按照正确的流程，而且术前术后都很小心注意一些禁忌，是不会有副作用的。
据分析调查，羊水穿刺后约0.3%~0.5%的孕妇会发生自发性流产，约有0.5%的孕妇会出现羊膜炎、胎膜破裂及流产。而且据研究报告表明，单胞胎接受羊水穿刺的死亡机率为0.6%，双胞胎接受羊水穿刺的死亡机率是2.7%。
所以虽然机率是很小的，但孕妇还是应多多注意，能避免不做就尽量不做。
