吴敬琏说，现在，时间已经很紧了，“如果我们希望在十八届三中全会能够把这个总体方案、路线图、时间表制定出来的话，现在应该说时间很紧”。
“一方面是民意为财税改革提供了机遇，目前的汇率走势为开放资本项目、增加人民币弹性提供了机遇，当前的低通胀环境为资源价格改革提供了机遇，我们可以通过建立改革委员会来设计并监督改革的执行，避免改革时机被贻误。”他说。
吴敬琏称，中国经过30年的改革，已经建成了市场经济的基本框架，但其中许多“细部”和子系统仍不能正常运转。吴敬琏认为，在较短时间内“形成一个能够有效运转的现代市场经济体系”，工作复杂;同时，这又会对利益团体形成冲击，并必然引起许多矛盾、阻力、抵抗等，因而不能像改革初期那样，“什么办法好拿来就用”。
吴敬琏认为，顶层设计需要中央统筹协调亲自抓，避免各个部门在做顶层设计时向部门利益倾斜，并形成部门利益格局。
吴敬琏认为我国城镇化质量差(效率低)的主要原因在于三方面：一是土地产权制度缺陷使获取土地差价成为各级政府推进城镇化的主要动力;二是政府偏离提供公共品的职能定位，成为“城市经营者”，财政也偏离公共财政的方向;三是各级政府的GDP增长导向，使我国城市化离开了创新的基本功能，部分地区甚至演变为大拆大建的“造城运动”。
对于贫富差距过大，吴敬琏认为主要原因有四个方面：首先是初次分配中劳动收入的份额低下;其次是土地产权不明确使广大农民土地收益受到侵蚀;再次是资本市场缺乏规范使中小投资者利益受损;此外，还有垄断特权损害中小企业和消费者权益。
吴敬琏建议，顶层设计可以分为两条线来做。
第一条线是问题导向，探寻各种重大问题背后的体制性原因，继而明确我们应该进行哪些方面的改革。
第二条线是按照子系统分类，汇总问题分析中提出的改革项目，如财税系统、金融系统、政府职能等系统内问题，继而形成财政改革、金融改革等子系统的改革方案，最后由中央的工作机构和中央的领导来汇总、梳理、并形成总体改革方案。
吴敬琏认为，子系统内的改革，中国“有几件事情一定要做”：
第一，完善市场的产权制度基础，比如讨论很多的土地产权问题;
第二，放开各类资源的价格;
第三，反垄断，强化竞争;
第四，实现司法公正和完善的执法监管;
第五，财政体制改革、金融体制改革，以及一些上一轮改革留下来的半拉子工程，如电力系统改革和电信改革。
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