1、所有权经营权不分管理者专业水平差。中小企业典型的管理模式是所有权与经营权的高度统一企业的投资者同时就是经营者这种模式给企业的财务管理带来了负面影响。中小企业中相当一部分属于个体、私营性质。在这些企业中企业领导者集权、家族化管理现象严重，企业没有或无法建立内部审计部门，即使有也很难保证内部审计的独立性。
2、筹资困难，资金严重不足目前我国中小企业步建立了较为独立、渠道多元的融资体系，但是，融资难担保难仍然是制约中小企业发展的最突出的问题。据统计我国300万户中小企业获得银行信贷支持的仅占10％左右。其主要原因：第一，负债过多，融资成本高、风险大。造成中小企业信用等级低资信相对较差。第二，国家没有专设中小企业管理扶持机构，国家的优惠政策未向中小企业倾斜使之长期处于不利地位。第三，大多数中小企业非国有企业，有些银行受传统观念和行政干预的影响。对其贷款不够热心。
3、项目论证缺乏科学性。追求短期目标。由于自身规模较小，贷款投资所占的比例比大企业多得多，所面临的风险也更大。所以它们总是尽快收回投资，很少考虑扩展自身规模。投资盲目性，投资方向难以把握。
