对病虫害的防治，着重采用生物和物理的防治方法，改善栽培条件、满足香菇生长、发育各个环节对外部环境条件的要求，使菌袋每个阶段都处于旺盛生长态势，让病害无法侵染。
菌棒衰败
（1）症状 菌皮坚硬，菌棒内部菌丝残短无光泽，培养料遇水松散。第1潮菇后，菌棒不能正常收缩，以后无产量。此症状在脱袋管理的香菇菌棒中更易发生。
（2）病因 劣质培养料、不良气候或管理不善造成后期菌丝生长不良，菌丝残短，失去粘联培养料和扭结成菌索、形成原基的能力。
（3）预防 ①选用抗逆性强的品种。②选用优质培养料，尤其要坚持使用石膏而不应以碳酸钙代替，更要避免使用以碳酸钙掺假的劣质麸皮。③加强后期管理，菌棒入棚后，在较热的天气还需加强遮阴、通风散热，防止后期烧菌。
黄花菇
（1）症状
菇体生长缓慢，提前开伞，菇色逐渐变黄，严重时枯死或小菇成批死亡。
（2）病因
温度高，通风不良，空气不新鲜，袋内水分过高。
（3）防治
①通风、降温。
②头茬菇不补水或少量补水。
③若补水太多，可刺深孑L，继续培养，使水分散失，菌丝恢复。
