根腐病主要为害根颈部及根部，育苗期和刚定植不久的苗较容易感病。特别是地下水位较高或排水沟不良造成积水、土壤黏性重时易感病。
一、症状：该病主要为害根颈部及根部，育苗期和刚定植不久的苗较容易感病。特别是地下水位较高或排水沟不良造成积水、土壤黏性重时易感病。植株发病初期在茎基出现水渍状，后变褐腐烂，叶片枯萎，植株枯死，拔起植株可见病株的根变褐坏死。
二、病原及发病特点：病原为镰刀菌属，以病菌在土壤中越冬，成为第二年传染源，由流动水传播。此病在排水不良、土质黏重、多雨年份及栽植过深时发病较重。
三、防治方法：
1、苗棚内要通风透气，透光，降地温湿度，苗地和种植地要排水良好，避免积水。
2、避免连作，也不要与蔬菜地（特别前茬是葫芦科）连作。定植时不要种植太深。
3、发现病株时要拔除，病穴要灌药液后翻晒，后再补种，其他植株或发病初期病株应及时喷药液保护。药剂可用70%敌克松可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，每株灌药液0.3～0.5千克，7～10天1次，连灌2～3次。
木瓜苗期除霜疫霉及根腐外，还经常会出现白粉病、立枯病、猝倒病等，这些都是真菌性病害，高温高湿是这些病的诱因。
