目前，九年一贯制学校已是许多城市义务教育阶段办学的热门趋势。媒体报道，北京市六区有80所九年一贯制学校；成都有195所，占全市义务教育阶段学校总数的20%以上。一些九年一贯制学校存在难以真正“一贯”起来的难题，比如职称评聘问题，中学和小学教师薪酬不同，学生管理难度大。
从缓解择校热、减少办学成本、促进课程改革的一体化、保持教育的连续性等方面而言，九年一贯制学校确实有其优势。但目前主流的办学模式还不能与九年一贯制学校的发展相适应。所以，出现教师薪酬高低不同、职称评聘很难协调、学校管理无法顺利实施等现象也就在情理之中了。
而要解决九年一贯制学校现有的问题，就必须从发展的角度去探索研究。否则，九年一贯制学校的发展很可能举步维艰，或者在原地打转。从现实情况来看，九年一贯制学校必须进一步完善和探索其发展路径，这既是对当下教育资源紧缺的现实考虑，也是为教育的长远发展和教育的连续性做准备。从办学形式多样化的角度来看，各级教育主管部门应该鼓励九年一贯制学校不断完善办学模式，为教育改革探索经验。
目前看来，人员问题是九年一贯制学校面临的主要问题，只要把人员问题解决好，学校管理的问题也会慢慢理顺。其实，人员问题说到底还是教师的利益问题，要解决它，单单加大资金投入既不现实也可能会产生新的不公。如果能在考核评估的过程中对九年一贯制学校教师与独立学校教师分类对待，在薪酬计算和职称评聘方面由学校独立操作的话，或许可以取得不错的效果。
学校一旦拥有较大的自主权就可以对全体教师进行通盘考虑，统筹安排。学校可以通过对全体教师的工作任务进行统筹安排，结合教师工作实际和专业特长，安排工作量不足的教师在学校活动、校本课程、第二课堂、课外活动中担任主角，这样不但能平衡教师的工作量，还能促使教师们相互合作，共同推动学校的可持续发展。
