1、冷藏保存。买回来的金针菇没有吃完的情况之下，可以放入冰箱进行冷藏保存。冰箱有专门的冷藏区，也有更高级的冷藏保鲜区，可以把金针菇根去掉，然后用干净的保鲜袋将其扎好之后放入到冰箱的冷藏区进行保存。一般2~3天是没有任何问题的。如果放入冰箱的冷藏保鲜区，由于保鲜区有单独的温控和湿度控制，所以其保鲜效果更好，放上一周左右拿出来的金针菇，还和刚买回来时的一样新鲜。
2、盐水浸泡后保存。新鲜的金针菇在常温下非常容易腐败，主要是因为金针菇属于菌类，在采摘的时候，上面会有很多的微生物，很容易发生变质腐烂，因此可以用适量的盐水把金针菇浸泡一下，然后再用吸水纸把金针菇表面的水分吸干，放入到冰箱冷藏就可以了。用盐水经过的金针菇冷藏的时间会更久，一般一周左右。
3、保鲜袋保存。天气比较凉的情况下，可以把金针菇放在常温下保存。当然并不是直接放于地上，而是需要放入保鲜袋当中，那么由于天气比较凉，室内外的温差有一些大，所以有可能会起水雾，因此需要在保鲜袋上面扎上几个孔，保持它的透气透水性，这样在常温下通风处可以保存上3~5天。
