１８７８年６月，妹妹离开尼采回瑙姆堡去了，尼采迁居到巴塞尔城郊，每天步行去大学上课。７月，奥弗贝克搬来与尼采同住，照料他的饮食起居。为了恢复身体健康，尼采为自己制订了一个长期生活计划，控制饮食，坚持散步。到了８月，他又到乡村疗养了一段时间。
９月下旬尼采回到瑙姆堡时身体已经十分衰弱，他在家里休养３星期。１０月回到巴塞尔。现在他还必须在大学讲课。本来同玛尔维达商议的结果，他应该在这之前就向学校提出退职休养的申请，但妹妹伊丽莎白劝他保留公职，他犹豫着就把这事拖下来了。但是，无论是身体还是精神上，对于长期固定时间的讲课，都是难于承受的。
在巴塞尔大学校园，尼采感到越来越不自在。由于《人性的，太人性的》出版，同事们都把他看成一个怪物，见到他就躲得远远的，避之唯恐不及。就连有忘年之交的布克哈特，虽然没有同他断绝来往，但明显地采取了一种敬而远之的态度。
在同事中感到孤寂的尼采，不由自主地想在学生中寻求知音。但这时他讲的内容，很少有学生能够真正理解。一天，尼采讲完课后，与学生赫尔·萨弗拉一起走着。他仰头看天，一缕缕白云飘然而过。
尼采不由得感叹道：“这些美丽的云彩飘得多么快啊！”
“是的，它们就像保罗·维洛内塞画中的云彩！”萨弗拉随口应道。
出乎萨弗拉的意料，尼采突然一把抓住他的胳臂，急切地说：“听着，假期快到了，我马上就要离开这里，和我一起走吧，我们一起去看威尼斯的云彩！”
萨弗拉吃惊得呆住了，不知道该怎样应答，口里结结巴巴说不出成个的话来。尼采仿佛并不怎么在意他的反应，而是沉浸在自己的情绪之中。他转过身去，脸上变得毫无表情，突然一言不发地撇下这个发呆的学生走了。
在巴塞尔，尼采开始构思一本题名为《混杂的意见和箴言》的书。到年底，他完成了这本书，内容包括４００多篇杂感和随笔。由于这书无论在内容还是风格上同《人性的，太人性的》都有着连续性，再版时尼采把它收为《人性的，太人性的》第二卷。
这年圣诞节尼采一个人在巴塞尔度过。新的一年开始，他的健康状况越来越恶化，剧烈头痛、眼痛和呕吐经常连续发作，难以忍受。２月１７日在给母亲和妹妹的信中说：“我的眼睛糟糕得使我无法再教课，头痛的情况就无须再提了。”他不得不一再要求休假，停止教学工作。
３月，尼采继续养病和接受治疗，他去了日内瓦。在给家人的信中他诉说了自己的痛苦：“我的生活与其说是力图恢复健康，不如说是饱受折磨。我所想的就是‘但愿自己是个瞎子’的傻念头。因为我本不该再读书可不能不读下去，正如我现在理应让大脑休息却总是苦苦思索一样。”
４月，回到巴塞尔，视力进一部恶化，几步路以外的东西都无法看见。同一个女子结婚的事情现在没有任何可能了，只剩下最后一条路来挽救他的身体健康：辞去巴塞尔大学的教职。
５月２日，尼采提出辞呈。６星期后，巴塞尔大学以真诚的惋惜之情免去了他的职务。他们高度评价了尼采的成就和贡献，每年给他３０００法郎退休金。尼采最后讲的两次课是“希腊的抒情诗人”和“柏拉图研究导论”。
尼采的健康状况越来越糟。头痛、胃病和眼疾一刻不停地折磨着他。奥弗贝克给询问情况的洛德、戈斯多夫回信说：“他的情况真令人绝望！”
而被尼采断绝交往的瓦格纳闻讯也感到震惊，他写信给奥弗贝克：“难道我会忘记那位以如此激烈的方式与我绝交的朋友吗？我清楚地知道，要向被这样的病痛折磨着的人要求合乎常情的思考是不适当的。我只得保持沉默并充满同情。可是我对他的生活、他的痛苦全然无知，这使我感到非常苦恼。能不能冒昧请求您把我的朋友的消息写信告诉我？”
当然，尼采并不知道瓦格纳的来信；如果他知道了瓦格纳的同情，只会更加难受。在诸多品行中，他最不能接受的就是人们对他的同情；他也不会随意同情某个人，除非那是特别要好的朋友。但在好朋友中间不仅仅是同情，主要是理解。
奥弗贝克夫妇照护着尼采，而伊丽莎白接到信后也来到巴塞尔。仅仅一年时间，在她看来，哥哥至少老了１０岁。在妹妹陪伴下，尼采开始旅行，希望找个对身体有利的地方。由巴塞尔到日内瓦，然后到伯尔尼。
在伯尔尼，尼采与妹妹分手，开始独自在欧洲各地漫游。以后１０年里，他往往夏天去欧洲的高山地区，而冬天多回到温暖的地中海地区，真正成为一个漫游者和飘泊者。
６月底尼采来到瑞士僻远的恩加丁山谷，在这里他的感觉要好一些。这里海拔高达１８００米，气候凉爽，空气清新，环境宜人，是一个可以长期居住的地方。在这里呆了两星期后，他在信中说：“我病得很厉害，已经卧床４天了，每天都有痛苦难受的时刻。尽管如此，我比在任何别的地方都更能顶得住。我觉得，仿佛我长期寻找的地方终于找到了。我现在根本不再去想什么‘好转’，更不用说‘康复’了。现在只要能够‘顶得住’就很不错了！”
这里几乎空无人烟。群山起伏如同大海的波涛，在浓密的树林深处是一个绿色的小湖。周围怪石嶙峋，眼前偶有牛羊在悠闲自在地吃草和漫步。太阳的强光通过层层树枝树叶的过滤，洒到这幽静的大地时，已变得分外柔和和朦胧，特别适合于尼采那病弱的双眼。偶有点点落日的余晖洒落在不远处，使附近的一切处于半明半暗中，仿佛一个现代人在向古老的历史凭吊，给人一种苍茫、肃穆的感觉。
尼采在这样的环境中写下他的感受：“一个人很想把古希腊的英雄们也带进这个世界──不知不觉地，仿佛这是极其自然的事情。一些人曾经这样生活过，并持续不断地在自己的内心和外界感受过人生；而我从他们中间认识了所有人中最伟大的一个，一个发现了史诗式、田园式风格的哲学家伊壁鸠鲁。”
除了写信，尼采几乎中断了与外界的任何联系。朋友中，只有忠实的奥弗贝克在８月份来这里看他生活得怎么样。他发现尼采十分安于现状，越来越喜欢与世隔绝了。这里住宿条件很差，伙食也很恶劣，但尼采住下来了，每天只喝牛奶，几乎不吃别的东西，一天两次到户外作长时间的散步。
７月，在给妹妹的信中他写道：“你是了解的，我所偏爱的是一种简单自然的生活方式，而现在我愈加渴望这种生活了。除此没有什么可以解除我的痛苦。我需要真正的工作，那种可以慢慢从事的工作，使身体和大脑都不过分劳累的工作。”
他在这里开始了一本新书的写作，书名是《漫游者及其影子》。这书名倒是十分贴切地反映出他此时的境况和心情。这时他对于自己健康的恢复已经不抱什么希望，也无所谓绝望。他只是在作最大的努力，把自己感受的和想说的都尽可能地写下来，关于事物、人性、高山、天空、……
９月上旬，尼采完成了《漫游者及其影子》的写作。第二天他把稿子寄给彼得·加斯特，请他抄写誊正自己由于眼疾而写得潦草零乱的手稿。在信中，尼采详细描述了自己此时的心境，并对自己的一生作了总结，这是一封类似精神遗嘱的信。
他此时深切感受到死亡之将至。他说：“我已经快过３５岁了，‘人到中年’，在几千年前人们就常常这样说；这正是但丁想象力最丰富的年龄，正如他诗歌的开头几段中告诉我们的那样。此时我正当这个人生的好季节，但死亡已经包围着我，死神每时每刻都可能把我带走；我的身体状况使我不得不预料自己将因为痉挛而迅速死去。”
不过他对死亡毫无恐惧，在信中还拿自己的死开心：“其实我更加喜欢缓慢的神智清醒的死，临死前还可以同朋友们谈话，尽管这种死更加痛苦。”
他现在的心境是宁静平和的，因为他觉得自己已经做了想做的一切：“我觉得自己像一个非常衰弱的老人，同时也觉得自己已经做了一生应该完成的一切。我身上已经流出去了一大滴油，人们不会忘记它。归根到底，我已经充分体验了人生，而许多人在我之后也会体验到它。那些持续剧烈的病痛直到现在还没有让我的情绪变坏；相反地，我似乎比过去任何时候都感到更愉快、更诚恳。”
尼采最后说明他的手稿就是在与死亡抗争中的产物，没有丝毫的颓废气息：“亲爱的朋友，请从头到尾好好读一下这部最新的手稿，看看里面是否还流露出痛苦和沮丧的痕迹。我想没有；而且我同时深信，在我的思想里必定有某些潜伏着的力量，而不是那些反对我的人们所希望看到的那种没精打采或无能为力。”
的确是这样的。尼采在彻底抛弃英雄主义等等理想的同时，却用自己的行为体现出一种真正的英雄气概，也许，用他自己的话来说，体现了酒神精神，含着大欢欣来面对死亡。
尼采这时认定自己不久就会死去。一个原因是现实的身体状况，另一个原因是对于父亲之死的联想。３０年前，父亲是因为脑部疾病而死，年龄同自己现在相当。他觉得自己恐怕是无法逃过命运的安排。因此当加斯特邀请他去威尼斯时，他拒绝了。这时他想的是：“到底死在哪里为好？”
尼采在给加斯特的回信中委婉地解说这一点：“不，不管奥弗贝克和我妹妹怎样劝我答应您，我都不会去您那里。我觉得在某种情况下，一个人同自己的母亲、家人、童年时留下的东西在一起也许更合适一些。”
他打算把瑙姆堡作为自己在人生旅途上最终逗留之地。于是他在９月下旬回到这里。不过他并没有躺下等死，而是租了一大间房子，在附近的一大片空地上种下树木和花草。虽然不抱什么希望，他仍然想通过体力劳动改善健康，对抗死亡。
但这样劳作了一段时间后，他不得不放弃了这一活动。这时天气已经十分寒冷，耀眼的雪光更易刺伤眼睛，他只有长久地呆在屋子里。
１０月初，尼采收到加斯特誊清的《漫游者及其影子》的全部稿件。书稿交出版商后，在月底出版。后来再版时这本书也收为《人性的，太人性的》第二卷。
尼采照例把新出版的书分送给朋友们。而这一次，他一向很看重的朋友洛德及时回了信，对他的书作了高度评价，虽然并不是没有保留的：
“您这种对人性清晰而不动情的观察，使我们这些爱您并对朋友的话十分当真的人在精神上感到莫大的痛苦。您几乎无法猜想到自己给予读者的影响，因为您只按照自己的愿望生活。无论在生活中还是在书本上，我们都从未听到过像您所发表的那种意见。我在读您的书时，不断地感受到我作为您的朋友在您身边时所感受到的东西；我感到自己上升到事物的一种更高的秩序中，并且是一种精神上的提升。书的结尾深深打动了我的心灵。通过这些不对称的和谐，您应该而且也能够赋予我们一种更柔和、更非凡的旋律。再见吧，我亲爱的朋友，你永远是施与者，而我永远是受惠者。”
看到洛德的信，尼采十分高兴，他已经有很长时间没有得到对方这样亲切的回应了。圣诞节后的第三天，他写回信道：“谢谢您，亲爱的朋友，您往日的爱重新获得了保证──这是圣诞节这几天里我所收到的最珍贵的礼物。”
尼采的回信很简短，因为他的病情又加剧发作起来，不可能再多写任何东西。正好从圣诞节那天开始，他连续３天呕吐不止，２７日陷入昏迷之中。给洛德的信可能是刚刚从昏迷中醒来后所写。
尼采感到自己的死期就要到了。他开始向妹妹交待后事。他的遗嘱是：“只让我的朋友为我守灵，不要让任何泛泛之交或者出于好奇的人在场。到那时，我无法再保护自己了，所以你一定要这样做。不要让牧师或其他任何人对我的灵柩讲一些虚假伪善的话。务必要把我作为一个忠诚的从不撒谎的异教徒那样埋葬！”在说这些话时，也许他头脑中浮现出那位波兰先祖的异教徒形象，也许父亲在天之灵正在向他频频招手。他随时准备着离开这个给他带来大痛苦而最后也带来大欢欣的世界，重新归入永恒。
