制药工业生产的发展带来了排废的增加，制药工业的“三废”污染危害主要来自原料药生产。由于生产工序繁琐，生产原料复杂，直接造成产品转化率低而“三废”产生量大。
药剂生产过程中残余的原料、产品和副产品如果不加妥善处臵，将有几十倍乃至几千倍于药物产品的“三废”物质产生，其中尤以废水对环境的污染最为严重。那么，制药废水的处理原则是什么？
一、对于毒性较小、易生化降解的发酵类制药生产废水，其高浓度废水可与低浓度废水混合，采用“厌氧生化（或水解酸化）－好氧生化－后续深度处理”工艺；或高浓度废水厌氧处理后再与低浓度废水混合进行后续处理。
二、对于毒性较大、较难生化降解的发酵类制药生产废水，废水宜分类收集、处理。高浓度废水经预处理、厌氧生化处理后，再与低浓度废水混合进行好氧生化－后续深度处理。
三、对于含氮量高的发酵类制药生产废水宜采用物化脱氮法，对于总氮含量较低的废水宜采用生物脱氮法。
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