在生态农业理论研究方面，生态农业有着一套复杂的系统理论，它包含农、林、畜、生态、资源、环境等多种学科的支持。与以前的研究不同，它的研究往往是针对某一学科的。所以大多数人只是对这套理论中的某一方面有了解，并没有深入研究生态农业的内在联系。看待生态农业需要以一个综合的思维角度，对各学科进行分类，整合，评价，模糊各学科之间的界限，建立新的生态农业体系。
在生态农业技术条件方面，生态农业有着一个复杂的系统关系，它包含各种组成充分，这些成分也相互影响。受到技术条件的限制，各种组成成分的发展也各有不同。通常情况下，如果没有足够的技术支持，而简单依靠一些经验，实现生态农业发展是非常困难的。但目前在生态农业的实践中，还缺乏技术措施的研究，既包括传统技术的发展，也包括高新技术的引进等问题。
在生态农业产业化方面，随着生态农业的产业化，生态农业的发展遇到崭新的机遇，同时也面对新的挑战，还有许多的问题有待解决，而其中，农业的产业化无疑是一个极为重要的方面。生态农业是世界农业发展的方向。目前，我国生态农业的实验和研究正逐步在全国范围内展开，许多生态农业试验点不断涌现，并创造出较为理想的生态农业模式。基塘式水陆结合模式以我国广东省珠江三角洲的桑基鱼塘为典型代表。
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